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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ptw | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of AMP-Bound PDE4 Suggests a Mechanism for Phosphodiesterase Catalysis | ||||||
要素 | cAMP-specific phosphodiesterase PDE4D2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / catalytic mechanism (酵素反応) / cAMP hydrolysis crystal structure / binuclear catalysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of heart rate / heterocyclic compound binding / adrenergic receptor signaling pathway / voltage-gated calcium channel complex / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / calcium channel regulator activity / cAMP-mediated signaling / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cAMP binding / cellular response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / positive regulation of type II interferon production / ATPase binding / T cell receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Huai, Q. / Colicelli, J. / Ke, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: The crystal structure of AMP-bound PDE4 suggests a mechanism for phosphodiesterase catalysis 著者: Huai, Q. / Colicelli, J. / Ke, H. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAINS. ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAINS. THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ptw.cif.gz | 274.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ptw.ent.gz | 220.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ptw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/1ptw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/1ptw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41394.773 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D2 / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-AMP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES, 15% PEG 3350, 25% ethylene glycol, 5% methanol, 5% DMSO, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月8日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→99 Å / Num. obs: 67136 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 5658 / % possible all: 72.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 64052 / % possible obs: 91.8 % / Num. measured all: 404282 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.5 Å / % possible obs: 87.9 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→99 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→99 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |