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- PDB-1pee: Crystal Structure of Nitrophorin 2 complex with imidazole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pee
タイトルCrystal Structure of Nitrophorin 2 complex with imidazole
要素Nitrophorin 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta barrel (Βバレル) / lipocalin / imidazole (イミダゾール) / ferric heme / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrophorin / Nitrophorin domain / Nitrophorin / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / イミダゾール / Nitrophorin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodnius prolixus (カメムシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Weihsel, A. / Montfort, W.R.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Conformational change and heme ruffling in nitrophorin 2, a nitric oxide carrier from kissing bug.
著者: Weihsel, A. / Montfort, W.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The Crystal Structure of Nitrophorin 2
著者: Andersen, J.F. / Montfort, W.R.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Ligand-induced Heme Ruffling and Bent NO Geometry in Ultra-High-Resolution Structures of Nitrophorin 4
著者: Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Qiu, Y. / Shelnutt, J.A. / Walker, F.A. / Montfort, W.R.
履歴
登録2003年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrophorin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7663
ポリマ－20,0801
非ポリマー6862
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.680, 34.680, 258.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-435-

HOH

21A-455-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nitrophorin 2 / / NP2 / Prolixin-S


分子量: 20080.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q26241
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.827 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月7日
放射モノクロメーター: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→34 Å / Num. all: 19111 / Num. obs: 19111 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 1.84 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 2600 / Rsym value: 0.125 / % possible all: 43.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.22精密化
Blu-Iceデータ収集
d*TREKデータスケーリング
MOLREPV. 7.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EUO

1euo


解像度: 1.5→34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.11 / SU ML: 0.076 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.123
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ANISOTROPIC B REFINED FOR FE ATOM ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2398 967 5.1 %RANDOM
Rwork0.18559 ---
all0.1883 19111 --
obs0.18831 18110 71.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.123 Å0.119 Å
Luzzati sigma a-0.076 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1412 0 48 169 1629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0211495
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9172.0562030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.26732986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.175179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.21352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1470.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.260.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2161.5893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.98421435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7753602
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0684.5595
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.3821
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.62 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 128 -
Rwork0.241 2367 -
obs-2367 48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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