PDB-1pe4: SOLUTION STRUCTURE OF TOXIN CN12 FROM CENTRUROIDES NOXIUS ALFA SC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pe4

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF TOXIN CN12 FROM CENTRUROIDES NOXIUS ALFA SCORPION TOXIN ACTING ON SODIUM CHANNELS. NMR STRUCTURE

要素

Neurotoxin Cn11

キーワード

TOXIN (毒素) /

SCORPION TOXIN /

CENTRUROIDES NOXIUS / SODIUM CHANNELS ALPHA TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel inhibitor activity / : /

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Centruroides noxius (サソリ)

手法

溶液NMR /

simulated annealing

Model type details

minimized average

データ登録者

Del Rio-Portilla, F. / Hernandez-Marin, E. / Pimienta, G. / Coronas, F.V. / Zamudio, F.Z. / Rodrguez de la Vega, R.C. / Wanke, E. / Possani, L.D.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004
タイトル: NMR solution structure of Cn12, a novel peptide from the Mexican scorpion Centruroides noxius with a typical beta-toxin sequence but with alpha-like physiological activity.
著者: Del Rio-Portilla, F. / Hernandez-Marin, E. / Pimienta, G. / Coronas, F.V. / Zamudio, F.Z. / Rodrguez de la Vega, R.C. / Wanke, E. / Possani, L.D.

履歴

登録	2003年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 999

SEQUENCE At the time of processing, no reference database sequence for this protein was available.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pe4.cif.gz	345.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pe4.ent.gz	297.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pe4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/1pe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/1pe4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cn2
類似構造データ	3pni-2 6a3z-d 5bmi-d 5hg2-4 5vnt-d 2i61-d 6nl6-3 6nlb-1 2n4d-d 5z1v-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neurotoxin Cn11

7.15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	19 / 250	NO RESTRAINT VIOLATIONS LESS THAN 0.2 ANGSTROMS AND MIMINUM ENERGY LESS THAN 115.0 KCAL/MOL BEST REPRESENTATIVE CONFORMER IN THIS ENSEMBLE: 1
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質	Neurotoxin Cn11 / CN12 分子量: 7154.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: TOXIN OBTAINED DIRECTLY FROM VENOM OF CENTRUROIDES NOXIUS. ACTIVITY IS VERY LOW, HOWEVER CN12 HAS SOME REQUIREMENTS FOR BEING A VERY ACTIVE TOXIN. 由来: (天然) Centruroides noxius (サソリ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P63019

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF COSY, 2D TOCSY, AND 2D NOSEY
2	2	2	DQF-COSY, 2D TOCSY, AND 2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR 1H-1H 2D NMR ON THE NATURAL TOXIN EXTRACTED FROM THE SCORPION VENOM

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.6 mM in H2O/D2O 90:10%;	90% H2O and 10% D2O
2	0.6 mM in 100% D2O	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	none	3.1	ambient	300 K
2	none	3.1	ambient	300 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	BRUNGER	精密化
NMRPipe	1	DELAGLIO	解析
VNMR	6.1c	VARIAN	collection

精密化

手法:

simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: SEE JOURNAL REFERENCE

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NO RESTRAINT VIOLATIONS LESS THAN 0.2 ANGSTROMS AND MIMINUM ENERGY LESS THAN 115.0 KCAL/MOL BEST REPRESENTATIVE CONFORMER IN THIS ENSEMBLE: 1
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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