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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pc5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the P50G Mutant of Ferredoxin I at 1.8 A Resolution | ||||||
要素 | Ferredoxin Iフェレドキシン | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / iron-sulfur protein (鉄硫黄タンパク質) / ferredoxin (フェレドキシン) / mutant (ミュータント (人類)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Azotobacter vinelandii (窒素固定) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Camba, R. / Jung, Y.S. / Chen, K. / Hunsicker-Wang, L.M. / Burgess, B.K. / Stout, C.D. / Hirst, J. / Armstrong, F.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Mechanisms of redox-coupled proton transfer in proteins: role of the proximal proline in reactions of the [3Fe-4S] cluster in Azotobacter vinelandii ferredoxin I 著者: Camba, R. / Jung, Y.S. / Hunsicker-Wang, L.M. / Burgess, B.K. / Stout, C.D. / Hirst, J. / Armstrong, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pc5.cif.gz | 44.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pc5.ent.gz | 30.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/1pc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/1pc5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12150.662 Da / 分子数: 1 / 変異: P50G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 発現宿主: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P00214 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-F3S / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4 詳細: Tris-HCl, Ammonium Sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 2 ℃ / 手法: 蒸気拡散法詳細: Shen, B., (1993) J.Biol.Chem., 268, 25928., Stout, C.D., (1979) J.Biol.Chem., 254, 3598. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5408 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5408 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 14793 / Num. obs: 13643 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / % possible all: 93.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→30 Å / Num. parameters: 5179 / Num. restraintsaints: 0 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 1%
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Refine analyze | Num. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 932 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.179 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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