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万見
- PDB-1out: TROUT HEMOGLOBIN I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1out
タイトルTROUT HEMOGLOBIN I
要素(HEMOGLOBIN Iヘモグロビン) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT (血液) / HEME (ヘム) / RESPIRATORY PROTEIN (呼吸器) / ERYTHROCYTE (赤血球)
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha-1 / Hemoglobin subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Oncorhynchus mykiss (アルビノ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tame, J. / Wilson, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The crystal structures of trout Hb I in the deoxy and carbonmonoxy forms.
著者: Tame, J.R. / Wilson, J.C. / Weber, R.E.
履歴
登録1996年6月21日-
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN I
B: HEMOGLOBIN I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2424
ポリマ－31,0092
非ポリマー1,2332
水3,117173
1
A: HEMOGLOBIN I
B: HEMOGLOBIN I
ヘテロ分子

A: HEMOGLOBIN I
B: HEMOGLOBIN I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4848
ポリマ－62,0184
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)63.280, 63.280, 312.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN I / ヘモグロビン


分子量: 15110.572 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN A, DEL(D32,K33) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DEOXY / 由来: (組換発現) Oncorhynchus mykiss (アルビノ) / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P02019
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN I / ヘモグロビン


分子量: 15898.425 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN A, DEL(D32,K33) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DEOXY / 由来: (組換発現) Oncorhynchus mykiss (アルビノ) / 参照: UniProt: P02142
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMbis-Tris-HCl11
215 %PEG800011

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 17315 / % possible obs: 84.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.049

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 -5 %
Rwork0.162 --
obs-14704 -
原子変位パラメータBiso mean: 23.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2187 0 90 173 2450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.035
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0350.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.0634
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.5476
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it7.5998
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it9.64110
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0960.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1920.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2750.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1810.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.9920
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor31.78530
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'PROLSQ (CCP4)' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.162
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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