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- PDB-1oun: CRYSTAL STRUCTURE OF NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 (NTF2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oun
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 (NTF2)
要素NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
キーワードTRANSPORT / NUCLEAR TRANSPORT PROTEIN (核輸送)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of vascular endothelial growth factor production / protein localization to nuclear pore / nuclear pore central transport channel / nuclear outer membrane / structural constituent of nuclear pore / nuclear inner membrane / nuclear import signal receptor activity / mRNA transport / protein export from nucleus / small GTPase binding ...negative regulation of vascular endothelial growth factor production / protein localization to nuclear pore / nuclear pore central transport channel / nuclear outer membrane / structural constituent of nuclear pore / nuclear inner membrane / nuclear import signal receptor activity / mRNA transport / protein export from nucleus / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / 核膜 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Nuclear transport factor 2/Mtr2 / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear transport factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bullock, T.L. / Stewart, M.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The 1.6 angstroms resolution crystal structure of nuclear transport factor 2 (NTF2).
著者: Bullock, T.L. / Clarkson, W.D. / Kent, H.M. / Stewart, M.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Scytalone Dehydratase--A Disease Determinant of the Rice Pathogen, Magnaporthe Grisea
著者: Lundqvist, T. / Rice, J. / Hodge, C.N. / Basarab, G.S. / Pierce, J. / Lindqvist, Y.
履歴
登録1996年2月21日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification / _software.name
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.52024年2月14日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
B: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9832
ポリマ－28,9832
非ポリマー00
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.000, 58.100, 88.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 / PP15 / B2


分子量: 14491.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: LIVER肝臓 / プラスミド: PET VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PET / 参照: UniProt: P61972
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 5.5 / PH range high: 4.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 %(w/v)PEG80001reservoir
225-100 mMmagnesium acetate1reservoir
3100 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 12825 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
冗長度: 5.4 % / Num. measured all: 90240
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT精密化
SHELX精密化
SHELXモデル構築
MOSFLMデータ削減
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT / 解像度: 2.3→100 Å / σ(F): 0
詳細: TNT LIBRARY RMS CO-ORDINATE SHIFT IN FINAL CYCLE (A) : 0.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 -5 %
Rwork0.158 --
obs-12194 96.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1980 0 0 91 2071
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.158
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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