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- PDB-1onv: NMR Structure of a Complex Containing the TFIIF Subunit RAP74 and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1onv
タイトルNMR Structure of a Complex Containing the TFIIF Subunit RAP74 and the RNAP II CTD Phosphatase FCP1
要素
  • Transcription initiation factor IIF, alpha subunit
  • serine phosphatase FCP1a
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcription Factor (転写因子) / Human General Transcription Factor TFIIF / RAP74 / RNA Polymerase II CTD Phosphatase / TFIIF-associating CTD Phosphatase / FCP1
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / Tat protein binding / phosphatase activator activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / exit from mitosis / transcription factor TFIIF complex / positive regulation by host of viral transcription / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing ...RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / Tat protein binding / phosphatase activator activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / exit from mitosis / transcription factor TFIIF complex / positive regulation by host of viral transcription / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / myosin phosphatase activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / protein-serine/threonine phosphatase / mRNA Splicing - Minor Pathway / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / phosphoprotein phosphatase activity / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / spindle midzone / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / mRNA Splicing - Major Pathway / protein dephosphorylation / negative regulation of protein binding / promoter-specific chromatin binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / response to virus / spindle / 紡錘体 / 細胞結合 / midbody / protein phosphatase binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / 細胞分裂 / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / 中心体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
FCP1-like phosphatase, C-terminal / FCP1, C-terminal / FCP1-like phosphatase, phosphatase domain / CTD phosphatase Fcp1 / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) ...FCP1-like phosphatase, C-terminal / FCP1, C-terminal / FCP1-like phosphatase, phosphatase domain / CTD phosphatase Fcp1 / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription factor IIF subunit 1 / RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Nguyen, B.D. / Abbott, K.L. / Potempa, K. / Kobor, M.S. / Archambault, J. / Greenblatt, J. / Legault, P. / Omichinski, J.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: NMR Structure of a Complex Containing the TFIIF Subunit RAP74 and the RNA polymerase II carboxyl-terminal domain phosphatase FCP1
著者: Nguyen, B.D. / Abbott, K.L. / Potempa, K. / Kobor, M.S. / Archambault, J. / Greenblatt, J. / Legault, P. / Omichinski, J.G.
履歴
登録2003年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor IIF, alpha subunit
B: serine phosphatase FCP1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3672
ポリマ－18,3672
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 70structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average,minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / TFIIF-alfa / Transcription initiation factor RAP74


分子量: 9344.814 Da / 分子数: 1
断片: C-Terminal Domain of RAP74, sequence database residues 436-517
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: GST-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35269
#2: タンパク質 serine phosphatase FCP1a


分子量: 9022.545 Da / 分子数: 1
断片: C-Terminal Domain of FCP1, sequence database residues 760-842
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: GST-3X / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5B0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
133HNCO, (HB)CBCA(CO)NNH, HN(CA)CB, H(CCO)NNH-TOCSY, C(CO)NNH-TOCSY
1443D 15N-separated NOESY
155HNCO, (HB)CBCA(CO)NNH, HN(CA)CB, H(CCO)NNH-TOCSY, C(CO)NNH-TOCSY
1663D 13C-separated NOESY
1762D 13C-filterd/edited NOESY
1873D 13C-filterd/edited NOESY
1953D 15N/13C separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM cterRAP74/cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA100% D2O
21mM U-15N cterRAP74/cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA90% H2O/10% D2O
31mM U-15N,13C cterRAP74/cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA90% H2O/10% D2O
41mM cterRAP74/U-15N cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA90% H2O/10% D2O
51mM cterRAP74/U-15N,13C cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA90% H2O/10% D2O
61mM U-15N,C13 cterRAP74/cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA;100% D2O
71mM cterRAP74/U-15N,13C cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA100% D2O
試料状態イオン強度: 20mM sodium phosphate buffer / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1Brunger構造決定
NMRPipeBax解析
PIPPGarrettデータ解析
NMRView5Johnsonデータ解析
CNSmodified CNS with conformational database potentialKay and Choy, Clores精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures were determined based on a total of 1267 restraints, 1131 NOE-derived distance restraints (including 58 intermolecular NOE-derived distance restraints) and 136 dihedral angle restraints
代表構造選択基準: closest to the average,minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 70 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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