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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ohj | ||||||
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タイトル | HUMAN DIHYDROFOLATE REDUCTASE, MONOCLINIC (P21) CRYSTAL FORM | ||||||
要素 | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / axon regeneration / folic acid binding / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate metabolic process ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / axon regeneration / folic acid binding / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / tetrahydrofolate biosynthetic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / one-carbon metabolic process / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Comparison of two independent crystal structures of human dihydrofolate reductase ternary complexes reduced with nicotinamide adenine dinucleotide phosphate and the very tight-binding inhibitor PT523. 著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Rosowsky, A. / Blakley, R.L. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: Methotrexate-Resistant Variants of Human Dihydrofolate Reductase with Substitutions of Leucine 22. Kinetics, Crystallography, and Potential as Selectable Markers 著者: Lewis, W.S. / Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Chunduru, S.K. / Spencer, H.T. / Appleman, J.R. / Blakley, R.L. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: Methotrexate-Resistant Variants of Human Dihydrofolate Reductase. Effects of Phe31 Substitutions 著者: Chunduru, S.K. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Appleman, J.R. / Blakley, R.L. #3: ジャーナル: Anti-Cancer Drug Des. / 年: 1992 タイトル: Crystal Structure Determination at 2.3 A of Recombinant Human Dihydrofolate Reductase Ternary Complex with Nadph and Methotrexate-Gamma-Tetrazole 著者: Cody, V. / Luft, J.R. / Ciszak, E. / Kalman, T.I. / Freisheim, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ohj.cif.gz | 53.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ohj.ent.gz | 38.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ohj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ohj_validation.pdf.gz | 584.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ohj_full_validation.pdf.gz | 614.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ohj_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ohj_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/1ohj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/1ohj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21349.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: COMPLEXED WITH NADPH AND PT523 NA-(4-AMINO-4-DEOXYPTEROYL)-ND-HEMIPHTHALOYL-L-ORNITHINE 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POTENTIAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM107 / 参照: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NDP / |
#3: 化合物 | ChemComp-COP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→8 Å / Num. obs: 5276 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROFFT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.5→8 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 16.86 Å2 |