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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oc3 | ||||||
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タイトル | HUMAN PEROXIREDOXIN 5 | ||||||
要素 | PEROXIREDOXIN 5ペルオキシレドキシン | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ANTIOXIDANT ENZYME / PEROXIREDOXIN (ペルオキシレドキシン) / THIOREDOXIN PEROXIDASE / THIOREDOXIN FOLD / PEROXISOME (ペルオキシソーム) / MITOCHONDRION (ミトコンドリア) / TRANSIT PEPTIDE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peroxynitrite reductase activity / reactive nitrogen species metabolic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of oxidoreductase activity / NADPH oxidation / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...peroxynitrite reductase activity / reactive nitrogen species metabolic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of oxidoreductase activity / NADPH oxidation / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / antioxidant activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / peroxisomal matrix / positive regulation of collagen biosynthetic process / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / peroxidase activity / cellular response to reactive oxygen species / ペルオキシソーム / cellular response to oxidative stress / cytoplasmic vesicle / response to oxidative stress / ミトコンドリアマトリックス / 炎症 / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Evrard, C. / Declercq, J.-P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structure of a Dimeric Oxidized Form of Human Peroxiredoxin 5 著者: Evrard, C. / Capron, A. / Marchand, C. / Clippe, A. / Wattiez, R. / Soumillion, P. / Knoops, B. / Declercq, J.-P. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal Structure of Human Peroxiredoxin 5, a Novel Type of Mammalian Peroxiredoxin at 1.5 A Resolution 著者: Declercq, J.P. / Evrard, C. / Clippe, A. / Stricht, D.V. / Bernard, A. / Knoops, B. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: A Twinned Monoclinic Crystal Form of Human Peroxiredoxin 5 with Eight Molecules in the Asymmetric Unit 著者: Declercq, J.P. / Evrard, C. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Cloning and Characterization of Aoeb166, a Novel Mammalian Antioxidant Enzyme of the Peroxiredoxin Family 著者: Knoops, B. / Clippe, A. / Bogard, C. / Arsalane, K. / Wattiez, R. / Hermans, C. / Duconseille, E. / Falmagne, P. / Bernard, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oc3.cif.gz | 102 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oc3.ent.gz | 79 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oc3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/1oc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/1oc3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1hd2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18193.850 Da / 分子数: 3 / 断片: PEROXIREDOXIN 5, RESIDUES 54-214 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LUNG肺 / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P30044 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | REDUCES HYDROGEN PEROXIDE AND HYDROPEROX | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.3 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 3350, 0.1 M SODIUM CITRATE BUFFER, PH 5.3, 1 MM DTT, 0.02 % (W/V) SODIUM AZIDE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / pH: 5.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8441 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月1日 / 詳細: PREMIRROR, BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8441 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 38821 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 96.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 164737 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.05 Å / % possible obs: 95.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HD2 解像度: 2→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.139 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→72.55 Å
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拘束条件 |
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