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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nw5 | ||||||
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タイトル | Structure of the beta class N6-adenine DNA methyltransferase RsrI bound to S-ADENOSYLMETHIONINE | ||||||
要素 | MODIFICATION METHYLASE RSRI | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ADENINE DNA METHYLTRANSFERASE / S-ADENOSYLMETHIONINE / ROSSMANN FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Thomas, C.B. / Scavetta, R.D. / Gumport, R.I. / Churchill, M.E.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Structures of liganded and unliganded RsrI N6-adenine DNA methyltransferase: a distinct orientation for active cofactor binding 著者: Thomas, C.B. / Scavetta, R.D. / Gumport, R.I. / Churchill, M.E.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nw5.cif.gz | 71 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nw5.ent.gz | 51.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nw5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nw5_validation.pdf.gz | 682.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nw5_full_validation.pdf.gz | 686.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nw5_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nw5_validation.cif.gz | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/1nw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/1nw5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | the other half of the putative dimer is related by a 2-fold rotation about the y axis |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35702.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: rsrIM / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P14751, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-SAM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: lithium sulfate, HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 19581 / Num. obs: 18235 / % possible obs: 93.2 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rsym value: 0.028 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 681 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 70.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 43607 / Rmerge(I) obs: 0.028 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 70.7 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Num. unique obs: 681 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→19.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 117750.83 / Data cutoff high rms absF: 117750.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.477 Å2 / ksol: 0.355505 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 18235 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.24 / Num. reflection Rwork: 681 |