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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1npe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Nidogen/Laminin Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Basement membrane (基底膜) / beta-propeller (Βプロペラドメイン) / EGF-like (上皮成長因子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Laminin interactions / laminin-1 complex / laminin-10 complex / tissue morphogenesis / hair follicle cell proliferation / regulation of basement membrane organization / hemidesmosome assembly / glomerular basement membrane development / laminin-1 binding / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway ...Laminin interactions / laminin-1 complex / laminin-10 complex / tissue morphogenesis / hair follicle cell proliferation / regulation of basement membrane organization / hemidesmosome assembly / glomerular basement membrane development / laminin-1 binding / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / glycosphingolipid binding / Degradation of the extracellular matrix / Wnt receptor activity / tissue development / Wnt-protein binding / hair cell differentiation / protein complex involved in cell-matrix adhesion / extracellular matrix binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / proteoglycan binding / extracellular matrix structural constituent / hair follicle morphogenesis / positive regulation of muscle cell differentiation / 基底膜 / positive regulation of cell adhesion / canonical Wnt signaling pathway / extracellular matrix disassembly / synaptic cleft / laminin binding / collagen binding / 細胞外マトリックス / extracellular matrix organization / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / cell periphery / animal organ morphogenesis / neuromuscular junction / neuron projection development / 遊走 / 遺伝子発現 / chromatin organization / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / 細胞接着 / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Takagi, J. / Yang, Y.T. / Liu, J.-H. / Wang, J.-H. / Springer, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2003 タイトル: Complex between nidogen and laminin fragments reveals a paradigmatic beta-propeller interface 著者: Takagi, J. / Yang, Y.T. / Liu, J.-H. / Wang, J.-H. / Springer, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1npe.cif.gz | 99.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1npe.ent.gz | 74.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1npe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/1npe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/1npe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29998.078 Da / 分子数: 1 / 断片: G3 YWTD domain, sequence database residue 941-1203 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: NID or NID1 or ENT / プラスミド: pCEP-Pu / 細胞株 (発現宿主): 293-EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02468, UniProt: P10493*PLUS | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 17366.607 Da / 分子数: 1 / 断片: modules III 3-5, sequence database residue 769-932 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: LAMC1 / プラスミド: pCEP4 / 細胞株 (発現宿主): 293-EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10493, UniProt: P02468*PLUS | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.64 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1 M NaAc, 0.05 M CdSO4, 0.1 M, HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 25891 / Num. obs: 25885 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2375 / % possible all: 92.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 25940 / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 466114 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1IJQ and 1KLO 解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.226 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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