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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nl1 | |||||||||
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タイトル | BOVINE PROTHROMBIN FRAGMENT 1 IN COMPLEX WITH CALCIUM ION | |||||||||
要素 | Prothrombinトロンビン | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fibrinogen binding / トロンビン / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / 凝固・線溶系 / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang, M. / Huang, G. / Furie, B. / Seaton, B. / Furie, B.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003 タイトル: Structural basis of membrane binding by Gla domains of vitamin K-dependent proteins. 著者: Huang, M. / Rigby, A.C. / Morelli, X. / Grant, M.A. / Huang, G. / Furie, B. / Seaton, B. / Furie, B.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nl1.cif.gz | 53.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nl1.ent.gz | 36.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nl1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/1nl1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/1nl1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16972.398 Da / 分子数: 1 / 断片: fragment 1 (residues 1-156) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00735, トロンビン | ||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#3: 糖 | ChemComp-NAG / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.88 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.6 / 詳細: pH 7.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→32 Å / Num. obs: 21658 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 150545 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.3 % / Num. unique obs: 2064 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2pf2 解像度: 1.9→31.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 434107.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.9402 Å2 / ksol: 0.360105 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.27 Å / Luzzati sigma a free: 0.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 32 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.97 Å |