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万見
- PDB-1ndo: NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ndo
タイトルNAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE
要素(NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASEナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ) x 2
キーワードNON-HEME IRON DIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ / naphthalene 1,2-dioxygenase activity / : / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 ...Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Naphthalene 1,2-dioxygenase system, large oxygenase component / Naphthalene 1,2-dioxygenase system, small oxygenase component
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換, 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Ramaswamy, S. / Kauppi, B. / Carredano, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structure of an aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase-naphthalene 1,2-dioxygenase.
著者: Kauppi, B. / Lee, K. / Carredano, E. / Parales, R.E. / Gibson, D.T. / Eklund, H. / Ramaswamy, S.
履歴
登録1998年1月11日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE
B: NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE
C: NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE
D: NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE
E: NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE
F: NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,59512
ポリマ－217,9006
非ポリマー6956
水19,1141061
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30400 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area61330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.000, 174.000, 282.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.789192, 0.2688, 0.552198), (-0.376054, -0.499358, 0.780528), (0.485551, -0.823643, -0.293006)-28.67416, 33.2988, 74.7929
2given(0.793375, -0.370985, 0.482624), (0.273587, -0.49094, -0.82712), (0.543789, 0.788256, -0.288003)-1.31999, 85.95347, 11.55289

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要素

#1: タンパク質 NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE / ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ


分子量: 49664.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHAIN A,C,E AND B,D,F ARE THE LARGE AND THE SMALL SUBUNITS RESPECTIVELY
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)
遺伝子: NAHACAD / プラスミド: PDTG141 / 遺伝子 (発現宿主): NAHACAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / Variant (発現宿主): DE3
参照: UniProt: P0A110, ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ
#2: タンパク質 NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE / ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ


分子量: 22969.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHAIN A,C,E AND B,D,F ARE THE LARGE AND THE SMALL SUBUNITS RESPECTIVELY
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)
遺伝子: NAHACAD / プラスミド: PDTG141 / 遺伝子 (発現宿主): NAHACAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / Variant (発現宿主): DE3
参照: UniProt: P0A112, ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1061 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: INITIAL PHASES WERE FROM A R32 CRYSTAL FORM
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 mg/mlprotein1drop
22.31 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 MMES1reservoir
42 %PEG1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.99
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 117067 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.66
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 96.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 % / Num. unique obs: 5920 / Rmerge(I) obs: 0.386

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, 多波長異常分散
解像度: 2.25→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 -2 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.22 122414 79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4 Å2-6.3 Å20 Å2
2--0 Å22.3 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 30 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15270 0 15 2040 17325
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.060.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.73
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.75
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.56
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.98
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.160.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.210.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor9.67
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor26.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. reflection obs: 110479 / Rfactor obs: 0.194 / Rfactor Rfree: 0.238
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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