ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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DENZO | データ削減 | SCALEPACK | データスケーリング | CNS | 精密化 | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1AK5 解像度: 2.2→19.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3506738.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.273 | 1691 | 5.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.248 | - | - | - |
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all | - | 32543 | - | - |
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obs | - | 32418 | 99.8 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.2427 Å2 / ksol: 0.364722 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40.2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.34 Å | 0.3 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.25 Å | 0.22 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.77 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2685 | 0 | 24 | 145 | 2854 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.72 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.27 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.15 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.93 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.84 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.304 | 262 | 4.9 % |
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Rwork | 0.277 | 5035 | - |
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obs | - | - | 99.8 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | PARAM.GNSOLIMP.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | CIS_PEPTIDE.PARAMMPA.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | IMP.PARION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 5 | ION.PARAMTOPH.GNSOL | | | | | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.245 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.71 | | | | |
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