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- PDB-1m74: Crystal structure of Mg-ADP-bound SecA from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m74
タイトルCrystal structure of Mg-ADP-bound SecA from Bacillus subtilis
要素Preprotein translocase secA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / protein translocation / atpase (ATPアーゼ) / transmembrane transport / helicase family structure / mechanochemisty
機能・相同性
機能・相同性情報


cell envelope Sec protein transport complex / protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting / 脂質ラフト / ATP binding / metal ion binding ...cell envelope Sec protein transport complex / protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting / 脂質ラフト / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #230 / Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / SecA P-loop domain / SEC-C motif / SEC-C motif / SecA, C-terminal helicase domain / Protein translocase subunit SecA ...Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #230 / Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / SecA P-loop domain / SEC-C motif / SEC-C motif / SecA, C-terminal helicase domain / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein translocase subunit SecA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hunt, J.F. / Weinkauf, S. / Henry, L. / Fak, J.J. / McNicholas, P. / Oliver, D.B. / Deisenhofer, J.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: Nucleotide Control of Interdomain Interactions in the Conformational Reaction Cycle of SecA
著者: Hunt, J.F. / Weinkauf, S. / Henry, L. / Fak, J.J. / McNicholas, P. / Oliver, D.B. / Deisenhofer, J.
#1: ジャーナル: To be Published / 年: 2002
タイトル: Ping-pong cross-validation in real space: a method to increase the phasing power of a partial model without risk of phase bias
著者: Hunt, J.F. / Deisenhofer, J.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Conformational stabilization and crystallization of the SecA translocation ATPase from Bacillus subtilis
著者: Weinkauf, S. / Hunt, J.F. / Scheuring, J. / Henry, L. / Fak, J.J. / Oliver, D.B. / Deisenhofer, J.
履歴
登録2002年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Preprotein translocase secA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3268
ポリマ－91,3941
非ポリマー9327
水82946
1
A: Preprotein translocase secA
ヘテロ分子

A: Preprotein translocase secA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,65116
ポリマ－182,7882
非ポリマー1,86414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-y+1,-x+1,-z+2/31
Buried area9270 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area68480 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.245, 131.245, 150.453
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3112
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: 1-y, 1-x, 2/3-z

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要素

#1: タンパク質 Preprotein translocase secA / secA


分子量: 91393.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: Div / プラスミド: pT7-Div / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28366
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.94 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5 mM ADP, 5 mM MgCl, 2 M ammonium sulfate, 30% glycerol, 1 mM DTT, 100 mM BES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 299K
結晶化
*PLUS
詳細: Weinkauf, S., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 559.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115-20 mg/mlprotein1drop
2300 mMammonium sulfate1drop
31 mMdithiothreitol1drop
420 mMBES1droppH7.0
546-52 %satammonium sulfate1reservoir
628-32 %(v/v)glycerol1reservoir
720-100 mMBES1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.986 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 29711 / Num. obs: 29652 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 58.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique all: 1484 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Rmerge(I) obs: 0.074

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1M6N

1m6n


解像度: 3→49.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 1105 4.9 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 22730 76.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 90.8636 Å2 / ksol: 0.317385 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 106.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.77 Å24.05 Å20 Å2
2---6.77 Å20 Å2
3---13.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6402 0 53 46 6501
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.68
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it7.731.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it11.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it45.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it44.272.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 116 4.6 %
Rwork0.306 2414 -
obs-2414 51.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHTOPH
X-RAY DIFFRACTION2PAR.TOP_
X-RAY DIFFRACTION3PARATOP_
X-RAY DIFFRACTION4PAR.TOPH
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor obs: 0.217 / Rfactor Rfree: 0.294 / Rfactor Rwork: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.84
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.68
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.356 / Rfactor Rwork: 0.306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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