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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lnu | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS II MHC MOLECULE IAb BOUND TO EALPHA3K PEPTIDE | |||||||||
要素 |
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キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Protein-peptide complex / T cell receptor (T細胞受容体) / antigen presentation (抗原提示) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / B cell affinity maturation / antigen processing and presentation of peptide antigen / positive regulation of T cell differentiation / response to type II interferon / antigen processing and presentation / toxic substance binding ...positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / B cell affinity maturation / antigen processing and presentation of peptide antigen / positive regulation of T cell differentiation / response to type II interferon / antigen processing and presentation / toxic substance binding / negative regulation of T cell proliferation / エンドソーム / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / 獲得免疫系 / リソソーム / エンドソーム / 免疫応答 / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / ゴルジ体 / 細胞膜 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, X. / Dai, S. / Crawford, F. / Fruge, R. / Marrack, P. / Kappler, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Alternate interactions define the binding of peptides to the MHC molecule IA(b). 著者: Liu, X. / Dai, S. / Crawford, F. / Fruge, R. / Marrack, P. / Kappler, J. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Author states two separate sequences, an Ealpha3K peptide(1-13) and linker(14-28), which ...SEQUENCE Author states two separate sequences, an Ealpha3K peptide(1-13) and linker(14-28), which start from residue 1 to residue 28 were added to the N-terminus of the beta chain of the class II MHC IAB of chains B,D,F and H. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lnu.cif.gz | 328.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lnu.ent.gz | 267.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lnu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/1lnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/1lnu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2iadS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | One molecule includes one alpha chain and one beta chain with the peptide |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20597.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P14434 #2: タンパク質 | 分子量: 24938.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SF9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14483 #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.53 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG8000, MES, KH2PO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.99187 Å |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年12月6日 |
放射 | モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 54497 / Num. obs: 54497 / % possible obs: 74.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.352 / Num. unique all: 1829 / % possible all: 21.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 40 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 21.3 % / Num. unique obs: 1829 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2IAD 解像度: 2.5→38.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 53511.21 / Data cutoff high rms absF: 53511.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.563 Å2 / ksol: 0.342183 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.39 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 54427 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.59 Å / Rfactor Rfree: 0.313 / Num. reflection Rfree: 66 / Rfactor Rwork: 0.277 / Num. reflection obs: 1591 |