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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lgr | ||||||
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タイトル | INTERACTIONS OF NUCLEOTIDES WITH FULLY UNADENYLYLATED GLUTAMINE SYNTHETASE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM | ||||||
要素 | GLUTAMINE SYNTHETASEグルタミンシンテターゼ | ||||||
キーワード | LIGASE(AMIDE SYNTHETASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrogen utilization / グルタミンシンテターゼ / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / protein homooligomerization / manganese ion binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Liaw, S.-H. / Eisenberg, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Interactions of nucleotides with fully unadenylylated glutamine synthetase from Salmonella typhimurium. 著者: Liaw, S.H. / Jun, G. / Eisenberg, D. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989 タイトル: Refined Atomic Model of Glutamine Synthetase at 3.5 Angstroms Resolution 著者: Yamashita, M.M. / Almassy, R.J. / Janson, C.A. / Cascio, D. / Eisenberg, D. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1986 タイトル: Novel Subunit-Subunit Interactions in the Structure of Glutamine Synthetase 著者: Almassy, R.J. / Janson, C.A. / Hamlin, R. / Xuong, N.-H. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lgr.cif.gz | 910.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lgr.ent.gz | 763.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lgr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/1lgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/1lgr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 184 2: SER 350 - PRO 351 OMEGA = 218.02 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51744.418 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P06201, UniProt: P0A1P6*PLUS, グルタミンシンテターゼ #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-AMP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 99219 / Num. measured all: 146242 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.79→8 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 99220 / Rfactor all: 0.233 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3 |