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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k5b | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Angiogenin Variant des(121-123) | |||||||||
要素 | Angiogenin | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / vascularization (血管新生) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / oocyte maturation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / homeostatic process ...activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / oocyte maturation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / homeostatic process / rRNA transcription / activation of phospholipase C activity / 基底膜 / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / positive regulation of phosphorylation / RNA endonuclease activity / actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell proliferation / activation of protein kinase B activity / response to hormone / placenta development / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of protein secretion / peptide binding / 遊走 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / マイクロフィラメント / heparin binding / 染色体 / actin binding / antibacterial humoral response / 成長円錐 / cytoplasmic vesicle / 血管新生 / endonuclease activity / negative regulation of translation / rRNA binding / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / copper ion binding / signaling receptor binding / 自然免疫系 / neuronal cell body / 核小体 / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Leonidas, D.D. / Shapiro, R. / Subbarao, G.V. / Russo, A. / Acharya, K.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Crystallographic studies on the role of the C-terminal segment of human angiogenin in defining enzymatic potency. 著者: Leonidas, D.D. / Shapiro, R. / Subbarao, G.V. / Russo, A. / Acharya, K.R. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Refined Crystal Structures of Native Human Angiogenin and Two Active Site Variants: Implications for the Unique Functional Properties of an Enzyme Involved in Neovascularisation During Tumour Growth 著者: Leonidas, D.D. / Shapiro, R. / Allen, S.C. / Subbarao, G.V. / Veluraja, K. / Acharya, K.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k5b.cif.gz | 39.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k5b.ent.gz | 26 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/1k5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/1k5b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13740.504 Da / 分子数: 1 / 変異: DEL(121-123) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03950, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: sodium citrate, sodium potassium tartrate, PEG 6000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 10158 / Num. obs: 10158 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 11.7 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 90 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 38216 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ANG 解像度: 1.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.304 |