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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k4d | ||||||
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タイトル | Potassium Channel KcsA-Fab complex in low concentration of K+ | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / K channel (カリウムチャネル) / protein-antibody Fab complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding ...humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / monoatomic ion transmembrane transport / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces lividans (スナパリシン) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, Y. / Morais-Cabral, J.H. / Kaufman, A. / MacKinnon, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2001 タイトル: Chemistry of ion coordination and hydration revealed by a K+ channel-Fab complex at 2.0 A resolution. 著者: Zhou, Y. / Morais-Cabral, J.H. / Kaufman, A. / MacKinnon, R. | ||||||
履歴 |
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Remark 99 | The water molecules 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 and 267 are near the potassium ion pathway inside molecule KcsA. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k4d.cif.gz | 118.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k4d.ent.gz | 93.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k4d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/1k4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/1k4d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 13211.582 Da / 分子数: 1 / Fragment: potassium channel KcsA / Mutation: P2A, L90C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces lividans (スナパリシン) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A334 |
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-抗体 , 2種, 2分子 AB
#1: 抗体 | 分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01868*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS |
-非ポリマー , 5種, 271分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-DGA / | #7: 化合物 | ChemComp-F09 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.63 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: PEG 400,Magnesium Acetate, Sodium Acetate , pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / PH range low: 5.6 / PH range high: 5 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 39850 / Num. obs: 39850 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 95.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 2159462.43 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.218 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 49.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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