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- PDB-1jzn: crystal structure of a galactose-specific C-type lectin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jzn
タイトルcrystal structure of a galactose-specific C-type lectin
要素Galactose-specific lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / C-type lectin / protein-disaccharide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / C-type lectin Cal
類似検索 - 構成要素
生物種Crotalus atrox (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Walker, J.R. / Nagar, B. / Young, N.M. / Hirama, T. / Rini, J.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: X-ray Crystal Structure of a Galactose-Specific C-Type Lectin Possessing a Novel Decameric Quaternary Structure.
著者: Walker, J.R. / Nagar, B. / Young, N.M. / Hirama, T. / Rini, J.M.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1984
タイトル: Isolation and characterization of three Ca2+-dependent beta-galactoside-specific lectins from snake venoms
著者: Gartner, T.K. / Ogilvie, M.L.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Complete primary structure of a galactose-specific lectin from the venom of the rattlesnake Crotalus atrox. Homologies with Ca2(+)-dependent-type lectins
著者: Hirabayashi, J.T. / Kusunoki, T. / Kasai, K.
履歴
登録2001年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactose-specific lectin
B: Galactose-specific lectin
C: Galactose-specific lectin
D: Galactose-specific lectin
E: Galactose-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,62421
ポリマ－81,5625
非ポリマー2,06216
水9,710539
1
A: Galactose-specific lectin
B: Galactose-specific lectin
C: Galactose-specific lectin
D: Galactose-specific lectin
E: Galactose-specific lectin
ヘテロ分子

A: Galactose-specific lectin
B: Galactose-specific lectin
C: Galactose-specific lectin
D: Galactose-specific lectin
E: Galactose-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,24842
ポリマ－163,12410
非ポリマー4,12532
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area23590 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area58830 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.309, 178.486, 137.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a decamer generated from the pentamer in the asymetric unit by the operation -x, y, -z + 1/2.

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 ABCDE

#1: タンパク質
Galactose-specific lectin / RSL (Rattlesnake lectin)


分子量: 16312.377 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Isolated from venom / 由来: (天然) Crotalus atrox (ヘビ) / 参照: UniProt: P21963
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 550分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Na acetate pH 4.6, 50 mM lactose, 40 mM CaCl2, 1.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15-7.5 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH8.0
31 mM1dropCaCl2
4100 mMlactose1drop
51.3-1.5 M1reservoirNaCl
61.3-1.5 Msodium acetate1reservoirpH4.6
740 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.8931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月9日
放射モノクロメーター: Horizontally Focused, 3.8 degree asymmetrically cut Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.46 Å / Num. all: 38575 / Num. obs: 38575 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rsym value: 0.063
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Rsym value: 0.15 / % possible all: 80.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 40 Å / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.8 % / Rmerge(I) obs: 0.156

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→37.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 4172349.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Positions of sulfur atoms of residue C86 in all five protein molecules were fixed during refinement as these atoms make disulfide bonds with crystallographically related molecules.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1170 3 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.198 38575 --
obs0.198 38575 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.574 Å2 / ksol: 0.358084 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.08 Å20 Å20 Å2
2--5.15 Å20 Å2
3----8.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5730 0 126 539 6395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.71.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 166 3 %
Rwork0.211 5446 -
obs-5446 85.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE_PTX8.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5CARBOHYDRATE.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 40 Å / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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