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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jtt | ||||||
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タイトル | Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes | ||||||
要素 |
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キーワード | Immune system (免疫系) / Lysozyme (リゾチーム) / immunoglobulin (抗体) / heavy chain antibody (重鎖抗体) / VHH / interface | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Decanniere, K. / Transue, T.R. / Desmyter, A. / Maes, D. / Muyldermans, S. / Wyns, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes. 著者: Decanniere, K. / Transue, T.R. / Desmyter, A. / Maes, D. / Muyldermans, S. / Wyns, L. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of a camel single-domain VH antibody fragment in complex with lysozyme 著者: Desmyter, A. / Transue, T.R. / Ghahroudi, M.A. / Thi, M.H. / Poortmans, F. / Hamers, R. / Muyldermans, S. / Wyns, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jtt.cif.gz | 72.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jtt.ent.gz | 52.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jtt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/1jtt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/1jtt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 14000.329 Da / 分子数: 1 / 断片: VH domain fragment / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) プラスミド: pHEN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 2392447 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: Enzyme / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purchased from Sigma / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.64 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2M NaFormate, 100mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月1日 / 詳細: Si crystal monochrometer |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→100 Å / Num. all: 19935 / Num. obs: 19935 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 3.48 / Num. unique all: 1994 / Rsym value: 0.432 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MEL 解像度: 2.1→100 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: Rfree / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→100 Å
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拘束条件 |
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