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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jrs | ||||||
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タイトル | HEMIACETAL COMPLEX BETWEEN LEUPEPTIN AND TRYPSIN | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE (加水分解酵素) / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / DIGESTION (消化) / PANCREAS (膵臓) / ZYMOGEN (酵素前駆体) / HYDROLASE (SERINE PROTEASE) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 トリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Actinomycetes Streptomyces roseus MA 839-A1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kurinov, I.V. / Harrison, R.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: Two crystal structures of the leupeptin-trypsin complex. 著者: Kurinov, I.V. / Harrison, R.W. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994 タイトル: Prediction of New Serine Proteinase Inhibitors 著者: Kurinov, I.V. / Harrison, R.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jrs.cif.gz | 69.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jrs.ent.gz | 55.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jrs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/1jrs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/1jrs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, トリプシン | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||
#4: 水 | ChemComp-HOH / | ||
構成要素の詳細 | THE LEUPEPTIN IS COVALENTLY配列の詳細 | THERE IS A DISCREPANCY IN THE NORINE AND PDB NUMBERING, AS NORINE COUNTS ACE AND LEU TOGETHER AS ...THERE IS A DISCREPANC | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: ORTHORHOMBIC SPACE GROUP; CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 24-26% PEG8000, 0.02M INHIBITOR, 0.2M (NH4)2 SO4, 50MM TRIS-HCL, ROOM TEMPERATURE, HANGING DROP., vapor diffusion - hanging drop Temp details: room temp | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月19日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 78707 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.24 % / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |