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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jdj | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF LEISHMANIA MEXICANA GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH 2-FLUORO-6-CHLOROPURINE | ||||||
要素 | GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASEグリセロール-3-リン酸デヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dehydrogenase (脱水素酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / グリセロール-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (NAD+) / glycerol-3-phosphate catabolic process / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (FAD) complex / glycosome / NAD binding / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Suresh, S. / Wisedchaisri, G. / Kennedy, K.J. / Verlinde, C.L.M.J. / Gelb, M.H. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002 タイトル: Anomalous differences of light elements in determining precise binding modes of ligands to glycerol-3-phosphate dehydrogenase. 著者: Choe, J. / Suresh, S. / Wisedchaisri, G. / Kennedy, K.J. / Gelb, M.H. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jdj.cif.gz | 82 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jdj.ent.gz | 60.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jdj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/1jdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/1jdj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological dimer generated by crystallographic two-fold |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39317.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P90551, グリセロール-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (NAD+) |
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#2: 化合物 | ChemComp-CFP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MYS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.9 M sodium citrate, 50 mM TEA pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
結晶化 | *PLUS |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 0.8-0.9 M / 一般名: sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 27686 / Num. obs: 27686 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.08 % / Biso Wilson estimate: 28.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 27 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 2492 / Rsym value: 0.184 / % possible all: 91.6 |
反射 | *PLUS 冗長度: 7.1 % / Num. measured all: 196124 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.6 % / Rmerge(I) obs: 0.18 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EVY 解像度: 2.2→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS / 詳細: CNS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Rfactor obs: 0.215 |