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万見
- PDB-1j78: Crystallographic analysis of the human vitamin D binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j78
タイトルCrystallographic analysis of the human vitamin D binding protein
要素vitamin D binding protein
キーワードTRANSPORT / LIGAND BINDING PROTEIN (リガンド) / plasma protein (血漿タンパク質) / vitamin D binding (ビタミンD) / actin binding (アクチン) / fatty acid binding (脂肪酸) / GC-globulin / Group-specific component
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin transmembrane transporter activity / calcidiol binding / vitamin transport / Vitamin D (calciferol) metabolism / vitamin D metabolic process / vitamin D binding / lysosomal lumen / actin binding / blood microparticle / extracellular space ...vitamin transmembrane transporter activity / calcidiol binding / vitamin transport / Vitamin D (calciferol) metabolism / vitamin D metabolic process / vitamin D binding / lysosomal lumen / actin binding / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Vitamin D-binding protein / Vitamin D binding protein, domain III / Vitamin D binding protein, domain III / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. ...Vitamin D-binding protein / Vitamin D binding protein, domain III / Vitamin D binding protein, domain III / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
オレイン酸 / Chem-VDY / Vitamin D-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / COMBINED MAD, 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Verboven, C. / Rabijns, A. / De Maeyer, M. / Van Baelen, H. / Bouillon, R. / De Ranter, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: A structural basis for the unique binding features of the human vitamin D-binding protein.
著者: Verboven, C. / Rabijns, A. / De Maeyer, M. / Van Baelen, H. / Bouillon, R. / De Ranter, C.
履歴
登録2001年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: vitamin D binding protein
B: vitamin D binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,8036
ポリマ－102,5552
非ポリマー1,2484
水5,386299
1
A: vitamin D binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5602
ポリマ－51,2771
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: vitamin D binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2434
ポリマ－51,2771
非ポリマー9663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.248, 132.248, 73.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 vitamin D binding protein


分子量: 51277.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02774
#2: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物 ChemComp-VDY / 3-{2-[1-(5-HYDROXY-1,5-DIMETHYL-HEXYL)-7A-METHYL-OCTAHYDRO-INDEN-4-YLIDENE]-ETHYLIDENE}-4-METHYLENE-CYCLOHEXANOL / 25-HYDROXYVITAMIN D3 / 25-ヒドロキシビタミンD3 / カルシフェジオール


分子量: 400.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 400, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Verboven, C.C., (1995) J. Steroid Biochem. Mol. Biol., 54, 11.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17.5 %(v/v)PEG4001reservoir
20.1 Macetate1reservoirpH4.6
330 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X11 / 波長: 0.9116 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月17日 / 詳細: Bent mirror
放射モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→30 Å / Num. all: 55933 / Num. obs: 55444 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 50.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.31→2.35 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 2766 / Rsym value: 0.209 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 187531
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: COMBINED MAD, 多重同系置換・異常分散
解像度: 2.31→29.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1255175.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: There are two molecules in the asymmetric unit: chain A and B. For chain A residues 1-12, 60-67, 99-102 and 458 and for chain B residues 1-2, 98-104 and 457-458 are disordered and have not ...詳細: There are two molecules in the asymmetric unit: chain A and B. For chain A residues 1-12, 60-67, 99-102 and 458 and for chain B residues 1-2, 98-104 and 457-458 are disordered and have not been included in the model.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2221 4 %RANDOM
Rwork0.22 ---
all-55159 --
obs-55159 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.26 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.24 Å20 Å20 Å2
2--3.24 Å20 Å2
3----6.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→29.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6749 0 89 299 7137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.432.5
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 305 4.5 %
Rwork0.29 6535 -
obs-6535 99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMLINO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3LINO.PARWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 53194 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 2236 / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor obs: 0.2201 / Rfactor Rfree: 0.2518 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 60.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.722
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.432.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.351 / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor Rwork: 0.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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