PDB-3nvu: Modulating Heme Redox Potential Through Protein-Induced Porphyrin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nvu

タイトル

Modulating Heme Redox Potential Through Protein-Induced Porphyrin Distortion

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / H-NOX / Hemoprotein / Heme

機能・相同性

機能・相同性情報

heme binding / signal transduction / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.038 Å

データ登録者

Olea Jr., C. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Modulating heme redox potential through protein-induced porphyrin distortion.
著者: Olea, C. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

履歴

登録	2010年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nvu.cif.gz	171.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nvu.ent.gz	137.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nvu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/3nvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/3nvu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nvrC 1u55 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jrv-d 4fdk-d 1j7e-1 3wtc-d 5liq-2 2qxf-d 1j78-1 4uj3-1 1u55-d 3uol-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (4)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (4)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

45.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.158, 79.828, 43.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.25, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein 分子量: 22021.465 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal Donaim / 変異: I5L, P115A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア) 遺伝子: Tar4, TTE0680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RBX6
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 22% PEG 4000, 0.05 M MES pH 6, 0.01 M LiCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月26日
放射	モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→50 Å / Num. all: 26931 / Num. obs: 26928 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 22.72
反射シェル	解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 8.25 / Num. unique all: 2542 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.038→39.054 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2345	1352	5.02 %	Random
R_work	0.1892	-	-	-
obs	0.1915	25754	50.67 %	-
all	-	26931	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.943 Å² / k_sol: 0.327 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.7831 Å²	0 Å²	2.6583 Å²
2-	-	-3.6669 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.1162 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.038→39.054 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3098	0	91	145	3334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	4404
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.451	1228
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	550

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0383-2.1111	0.2656	142	0.1961	2397	X-RAY DIFFRACTION	48
2.1111-2.1956	0.2547	144	0.1845	2554	X-RAY DIFFRACTION	51
2.1956-2.2955	0.2523	133	0.1859	2566	X-RAY DIFFRACTION	51
2.2955-2.4165	0.2371	112	0.1831	2611	X-RAY DIFFRACTION	51
2.4165-2.5679	0.2359	135	0.1916	2546	X-RAY DIFFRACTION	51
2.5679-2.7661	0.2686	135	0.1942	2556	X-RAY DIFFRACTION	51
2.7661-3.0444	0.2451	145	0.2086	2563	X-RAY DIFFRACTION	51
3.0444-3.4847	0.2357	129	0.2	2577	X-RAY DIFFRACTION	51
3.4847-4.3894	0.2011	138	0.1707	2586	X-RAY DIFFRACTION	51
4.3894-39.0608	0.1953	139	0.1663	2620	X-RAY DIFFRACTION	52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8655	-0.1739	-0.1244	1.6628	-0.4532	1.3678	-0.0878	-0.1083	-0.107	0.0897	0.0173	-0.006	0.2486	-0.1653	0.0884	0.1215	-0.0221	0.001	0.1103	0.0201	0.1037	49.6641	-17.4644	-19.3769
2	2.5604	1.3724	0.5923	0.402	-0.0794	1.1401	-0.1324	0.203	0.5184	0.0247	-0.0234	0.126	-0.2702	0.0316	0.1558	0.1942	-0.0021	-0.0131	0.1471	0.0602	0.2233	55.9796	-0.7059	-31.223
3	1.9239	-0.0464	0.2339	2.1456	-0.2635	0.9671	-0.0721	-0.1253	0.0338	0.2894	-0.0356	0.0251	-0.1913	0.046	0.0912	0.1821	0.0031	0.0211	0.114	-0.0007	0.0969	23.1173	-2.5004	-16.0541
4	1.6342	0.0226	0.8609	1.2058	0.2805	1.2047	0.0283	0.0754	-0.1699	-0.0235	-0.1204	0.1683	0.0357	-0.1526	0.1381	0.119	-0.0104	0.0315	0.1245	-0.0532	0.1269	17.0191	-16.166	-23.9645
5	1.2114	-0.5593	1.0036	1.2565	-0.4258	-1.7492	0.3914	0.694	-0.1988	-0.3943	0.0435	-0.1845	-0.2498	0.7938	-0.4791	0.5181	0.2147	0.0812	0.5463	-0.2566	0.2957	24.0349	-25.2418	-41.0969

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:88)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 89:188)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:105)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 106:178)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 179:188)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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