[日本語] English
万見
- PDB-1ipf: TROPINONE REDUCTASE-II COMPLEXED WITH NADPH AND TROPINONE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ipf
タイトルTROPINONE REDUCTASE-II COMPLEXED WITH NADPH AND TROPINONE
要素TROPINONE REDUCTASE-IIトロピノンレダクターゼII
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / TROPANE ALKALOID BIOSYNTHESIS / REDUCTION OF TROPINONE TO PSEUDOTROPINE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE / TROPINONE (トロピノン) / LAUE DIFFRACTION (X線回折) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


トロピノンレダクターゼII / tropinone reductase activity / tropane alkaloid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
トロピノンレダクターゼII / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 8-METHYL-8-AZABICYCLO[3,2,1]OCTAN-3-ONE / Tropinone reductase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Datura stramonium (シロバナチョウセンアサガオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yamashita, A. / Endo, M. / Higashi, T. / Nakatsu, T. / Yamada, Y. / Oda, J. / Kato, H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: BIOCHEMISTRY / 年: 2003
タイトル: Capturing Enzyme Structure Prior to Reaction Initiation: Tropinone Reductase-II-Substrate Complexes
著者: Yamashita, A. / Endo, M. / Higashi, T. / Nakatsu, T. / Yamada, Y. / Oda, J. / Kato, H.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Structure of Tropinone Reductase-II Complexed with NADP+ and Pseudotropine at 1.9 A Resolution: Implication for Stereospecific Substrate Binding and Catalysis
著者: Yamashita, A. / Kato, H. / Wakatsuki, S. / Tomizaki, T. / Nakatsu, T. / Nakajima, K. / Hashimoto, T. / Yamada, Y. / Oda, J.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Crystal Structures of Two Tropinone Reductases: Different Reaction Stereospecificities in the Same Protein Fold
著者: Nakajima, K. / Yamashita, A. / Akama, H. / Nakatsu, T. / Kato, H. / Hashimoto, T. / Oda, J. / Yamada, Y.
履歴
登録2001年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TROPINONE REDUCTASE-II
B: TROPINONE REDUCTASE-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1866
ポリマ－56,4172
非ポリマー1,7694
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20450 Å2
手法PISA
2
A: TROPINONE REDUCTASE-II
B: TROPINONE REDUCTASE-II
ヘテロ分子

A: TROPINONE REDUCTASE-II
B: TROPINONE REDUCTASE-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,37112
ポリマ－112,8334
非ポリマー3,5388
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area21840 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area31010 Å2
手法PISA
3
A: TROPINONE REDUCTASE-II
ヘテロ分子

B: TROPINONE REDUCTASE-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1866
ポリマ－56,4172
非ポリマー1,7694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area6950 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.600, 88.600, 337.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-295-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TROPINONE REDUCTASE-II / トロピノンレダクターゼII


分子量: 28208.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Datura stramonium (シロバナチョウセンアサガオ)
器官: CULTURED ROOT / プラスミド: PETTR2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P50163, トロピノンレダクターゼII
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-TNE / 8-METHYL-8-AZABICYCLO[3,2,1]OCTAN-3-ONE / TROPINONE / TROPINONE / (1β,5β)-8-メチル-8-アザビシクロ[3.2.1]オクタン-3-オン / トロピノン


分子量: 139.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13NO / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: lithium sulfate, dithiothreitol, HEPES, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.0K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
詳細: Petsko, G.A., (2000) Curr. Opin. Chem. Biol., 4, 89.

-
データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.7-1.65
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月11日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.71
21.651
反射解像度: 2.5→37 Å / Num. all: 24958 / Num. obs: 24567 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.34 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.27 / % possible all: 84.3
反射
*PLUS
最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 155667
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.3 % / Rmerge(I) obs: 0.27

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
INTLAUEデータ収集
LAUENORMデータ削減
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
INTLAUEデータ削減
LAUENORMデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 2AE2

2ae2


解像度: 2.5→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HOH 61, WHICH IS LISTED IN REMARK 525, MAKES A 3.55 A HYDROGEN BOND WITH HOH 11, WHICH MAKES A HYDROGEN BOND WITH PROTEIN MOLECULE AT 2.91 A DISTANCE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1193 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs-23323 84.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3950 0 116 62 4128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.81
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.685
Refine LS restraints NCSNCS model details: UNRESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 131 3.85 %
Rwork0.252 2509 -
obs-2903 77.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2NPH.PARAMTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3TPO.PARAMNPH.TOP
X-RAY DIFFRACTION4TPO.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.332
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.812
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.685

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る