[日本語] English
- PDB-3dwf: Crystal Structure of the Guinea Pig 11beta-Hydroxysteroid Dehydro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dwf
タイトルCrystal Structure of the Guinea Pig 11beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 Mutant F278E
要素11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / short chain dehydrogenase reductase / SDR / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Lipid metabolism / Membrane / NADP / Signal-anchor / Steroid metabolism / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / steroid catabolic process / steroid binding / lung development / NADP binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Cavia porcellus (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lawson, A.J. / Ride, J.P. / White, S.A. / Walker, E.A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / : 2009
タイトル: Mutations of key hydrophobic surface residues of 11 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 increase solubility and monodispersity in a bacterial expression system
著者: Lawson, A.J. / Walker, E.A. / White, S.A. / Dafforn, T.R. / Stewart, P.M. / Ride, J.P.
履歴
登録2008年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
B: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
C: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
D: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,63521
ポリマ-121,4454
非ポリマー4,19117
8,143452
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
B: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6789
ポリマ-60,7222
非ポリマー1,9557
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10160 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
3
C: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
D: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,95812
ポリマ-60,7222
非ポリマー2,23510
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area21850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.080, 85.920, 176.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / 11-DH / 11-beta-HSD1


分子量: 30361.188 Da / 分子数: 4 / 変異: F278E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類) / 遺伝子: HSD11B1 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6QLL4, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, 1.75M ammonium sulphate and 5% glycerol, pH 8, Vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34.68 Å / Num. obs: 60967 / Biso Wilson estimate: 34.468 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化解像度: 2.2→34.68 Å / FOM work R set: 0.834 / 立体化学のターゲット値: ml
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 3085 5.07 %
Rwork0.2 --
obs-60836 99.77 %
溶媒の処理Bsol: 63.469 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 180.64 Å2 / Biso mean: 43.75 Å2 / Biso min: 10.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.133 Å20 Å20 Å2
2--0.029 Å20 Å2
3---0.104 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8436 0 265 452 9153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9231
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.811
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.121
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
2.2-2.2060.334458X-RAY DIFFRACTION11688
2.206-2.2130.309444X-RAY DIFFRACTION11691
2.213-2.2190.305494X-RAY DIFFRACTION11689
2.219-2.2260.309463X-RAY DIFFRACTION11693
2.226-2.2330.3485X-RAY DIFFRACTION11692
2.233-2.2390.298483X-RAY DIFFRACTION11694
2.239-2.2460.295485X-RAY DIFFRACTION11693
2.246-2.2530.283474X-RAY DIFFRACTION11695
2.253-2.260.282511X-RAY DIFFRACTION11696
2.26-2.2670.279483X-RAY DIFFRACTION11694
2.267-2.2740.28498X-RAY DIFFRACTION11696
2.274-2.2820.259495X-RAY DIFFRACTION11696
2.282-2.2890.266482X-RAY DIFFRACTION11695
2.289-2.2960.264508X-RAY DIFFRACTION11694
2.296-2.3040.271463X-RAY DIFFRACTION11695
2.304-2.3120.269518X-RAY DIFFRACTION11695
2.312-2.3190.249504X-RAY DIFFRACTION11695
2.319-2.3270.265490X-RAY DIFFRACTION11696
2.327-2.3350.249467X-RAY DIFFRACTION11695
2.335-2.3430.254513X-RAY DIFFRACTION11697
2.343-2.3510.245501X-RAY DIFFRACTION11697
2.351-2.360.256493X-RAY DIFFRACTION11695
2.36-2.3680.233526X-RAY DIFFRACTION11696
2.368-2.3770.243480X-RAY DIFFRACTION11696
2.377-2.3850.259486X-RAY DIFFRACTION11695
2.385-2.3940.257473X-RAY DIFFRACTION11693
2.394-2.4030.25487X-RAY DIFFRACTION11694
2.403-2.4120.239500X-RAY DIFFRACTION11695
2.412-2.4210.23495X-RAY DIFFRACTION11694
2.421-2.4310.261483X-RAY DIFFRACTION11695
2.431-2.440.252518X-RAY DIFFRACTION11694
2.44-2.450.238483X-RAY DIFFRACTION11696
2.45-2.460.239488X-RAY DIFFRACTION11694
2.46-2.470.217497X-RAY DIFFRACTION11697
2.47-2.480.238498X-RAY DIFFRACTION11695
2.48-2.490.226472X-RAY DIFFRACTION11694
2.49-2.50.225479X-RAY DIFFRACTION11694
2.5-2.5110.221537X-RAY DIFFRACTION11695
2.511-2.5220.226490X-RAY DIFFRACTION11694
2.522-2.5330.222489X-RAY DIFFRACTION11694
2.533-2.5440.197472X-RAY DIFFRACTION11694
2.544-2.5560.207484X-RAY DIFFRACTION11696
2.556-2.5670.203498X-RAY DIFFRACTION11694
2.567-2.5790.214508X-RAY DIFFRACTION11694
2.579-2.5910.19492X-RAY DIFFRACTION11696
2.591-2.6030.192511X-RAY DIFFRACTION11694
2.603-2.6160.19496X-RAY DIFFRACTION11696
2.616-2.6290.195467X-RAY DIFFRACTION11695
2.629-2.6420.186507X-RAY DIFFRACTION11695
2.642-2.6550.19485X-RAY DIFFRACTION11696
2.655-2.6680.198500X-RAY DIFFRACTION11695
2.668-2.6820.201515X-RAY DIFFRACTION11695
2.682-2.6960.179490X-RAY DIFFRACTION11693
2.696-2.7110.196488X-RAY DIFFRACTION11695
2.711-2.7260.186484X-RAY DIFFRACTION11696
2.726-2.740.182491X-RAY DIFFRACTION11694
2.74-2.7560.178503X-RAY DIFFRACTION11695
2.756-2.7720.182505X-RAY DIFFRACTION11694
2.772-2.7880.202470X-RAY DIFFRACTION11694
2.788-2.8040.19497X-RAY DIFFRACTION11693
2.804-2.8210.193489X-RAY DIFFRACTION11696
2.821-2.8380.182515X-RAY DIFFRACTION11696
2.838-2.8560.179484X-RAY DIFFRACTION11695
2.856-2.8740.197510X-RAY DIFFRACTION11696
2.874-2.8930.193499X-RAY DIFFRACTION11694
2.893-2.9120.198481X-RAY DIFFRACTION11696
2.912-2.9320.187489X-RAY DIFFRACTION11693
2.932-2.9520.19503X-RAY DIFFRACTION11697
2.952-2.9730.205516X-RAY DIFFRACTION11694
2.973-2.9940.214478X-RAY DIFFRACTION11694
2.994-3.0160.211500X-RAY DIFFRACTION11697
3.016-3.0390.193502X-RAY DIFFRACTION11695
3.039-3.0620.196510X-RAY DIFFRACTION11695
3.062-3.0860.201479X-RAY DIFFRACTION11696
3.086-3.1110.204507X-RAY DIFFRACTION11696
3.111-3.1370.205499X-RAY DIFFRACTION11695
3.137-3.1630.212487X-RAY DIFFRACTION11695
3.163-3.1910.201509X-RAY DIFFRACTION11695
3.191-3.2190.192499X-RAY DIFFRACTION11694
3.219-3.2490.209496X-RAY DIFFRACTION11694
3.249-3.280.196498X-RAY DIFFRACTION11695
3.28-3.3110.179510X-RAY DIFFRACTION11695
3.311-3.3440.193474X-RAY DIFFRACTION11696
3.344-3.3790.194506X-RAY DIFFRACTION11695
3.379-3.4150.206535X-RAY DIFFRACTION11695
3.415-3.4520.201475X-RAY DIFFRACTION11696
3.452-3.4910.195506X-RAY DIFFRACTION11696
3.491-3.5330.187494X-RAY DIFFRACTION11695
3.533-3.5760.181512X-RAY DIFFRACTION11694
3.576-3.6210.171486X-RAY DIFFRACTION11695
3.621-3.6680.171474X-RAY DIFFRACTION11693
3.668-3.7180.181539X-RAY DIFFRACTION11696
3.718-3.7720.174491X-RAY DIFFRACTION11694
3.772-3.8280.168496X-RAY DIFFRACTION11696
3.828-3.8880.164511X-RAY DIFFRACTION11696
3.888-3.9510.172505X-RAY DIFFRACTION11695
3.951-4.0190.181499X-RAY DIFFRACTION11693
4.019-4.0920.169520X-RAY DIFFRACTION11695
4.092-4.1710.167490X-RAY DIFFRACTION11695
4.171-4.2560.169497X-RAY DIFFRACTION11695
4.256-4.3480.162525X-RAY DIFFRACTION11697
4.348-4.4490.161494X-RAY DIFFRACTION11694
4.449-4.560.161515X-RAY DIFFRACTION11695
4.56-4.6830.153514X-RAY DIFFRACTION11696
4.683-4.8210.159518X-RAY DIFFRACTION11694
4.821-4.9760.164492X-RAY DIFFRACTION11695
4.976-5.1530.169518X-RAY DIFFRACTION11695
5.153-5.3590.188512X-RAY DIFFRACTION11695
5.359-5.6020.203516X-RAY DIFFRACTION11695
5.602-5.8960.199510X-RAY DIFFRACTION11695
5.896-6.2630.199522X-RAY DIFFRACTION11696
6.263-6.7430.201519X-RAY DIFFRACTION11694
6.743-7.4160.191531X-RAY DIFFRACTION11696
7.416-8.4750.185530X-RAY DIFFRACTION11694
8.475-10.6270.178535X-RAY DIFFRACTION11694
10.627-34.6840.242574X-RAY DIFFRACTION11695
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0556-0.0957-0.14112.04460.18730.8369-0.0809-0.07780.03220.08930.2635-0.5315-0.04640.2516-0.06320.11690.0456-0.03610.21820.02370.325667.444785.123321.0616
20.63640.48080.5721-0.1070.35241.1017-0.0488-0.1507-0.08590.002-0.0443-0.05290.0247-0.01380.09540.10930.03480.00160.11520.02590.175950.639782.50518.7922
30.45830.33650.42710.58950.87252.12960.20520.34050.36870.18-0.40260.15721.46140.39270.09361.0560.3980.25260.32530.08020.558748.644764.54380.4905
41.68590.397-0.2240.4777-0.1251.64250.0016-0.226-0.65520.1436-0.0157-0.06850.7474-0.03030.16980.4006-0.06810.00810.09750.10560.226355.894278.70964.8901
50.8331-0.46280.28911.3357-0.47281.3898-0.0409-0.0586-0.07430.15370.01860.05590.1228-0.29760.03050.1714-0.02540.01680.19220.00530.156453.024896.135360.5608
60.0997-0.0262-0.03370.0450.03690.30180.1382-0.203-0.0342-0.02590.1056-0.1122-0.41180.1853-0.13121.045-0.60940.26430.7344-0.45050.548640.516787.066840.1554
70.53020.350.4495-0.03360.39060.8751-0.46950.10450.1691-0.3083-0.13920.1833-0.6328-0.1550.44950.62610.0294-0.00210.3665-0.10350.441164.2663132.274344.7693
80.82160.28310.22710.74090.11431.1128-0.02360.07590.0338-0.07870.0256-0.1272-0.18-0.0074-0.00410.1441-0.02060.03630.1398-0.01480.12160.9729112.107543.3789
90.69310.30052.21182.4875-0.17063.2425-0.1222-0.255-0.37020.680.3002-0.9908-0.0670.2308-0.18540.3091-0.0387-0.23880.3202-0.01010.486976.7272108.425967.2876
10-0.425-0.42080.51240.00570.74891.8691-0.2320.11120.21470.1427-0.37940.2637-0.0979-0.61320.49580.32980.1669-0.02710.9747-0.06690.502113.104389.52461.9175
111.0973-0.21250.50141.5235-0.09241.7191-0.0355-0.00630.0326-0.1377-0.02970.0513-0.0145-0.19530.05450.08990.0417-0.00790.1264-0.01190.068233.397487.29050.2448
120.264-0.152-0.20680.0746-0.03670.1080.07810.2915-0.420.2809-0.0641-0.0590.0959-0.1442-0.02930.69490.3222-0.18590.8958-0.40690.789736.602103.834423.9081
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 25:125)A25 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 126:277)A126 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 278:299)A278 - 299
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 24:125)B24 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 126:291)B126 - 291
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 292:299)B292 - 299
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 25:33)C25 - 33
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 34:282)C34 - 282
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 283:299)C283 - 299
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 25:33)D25 - 33
11X-RAY DIFFRACTION11(chain D and resid 34:282)D34 - 282
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 283:299)D283 - 299

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る