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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ika | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF ISOCITRATE DEHYDROGENASE WITH ALPHA-KETOGLUTARATE AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION: CONFORMATIONAL CHANGES INDUCED BY DECARBOXYLATION OF ISOCITRATE | ||||||
要素 | ISOCITRATE DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE(NAD(A)-CHOH(D)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / guanosine tetraphosphate binding / tricarboxylic acid cycle / electron transport chain / NAD binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Stoddard, B.L. / Koshland Junior, D.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Structure of isocitrate dehydrogenase with alpha-ketoglutarate at 2.7-A resolution: conformational changes induced by decarboxylation of isocitrate. 著者: Stoddard, B.L. / Koshland Jr., D.E. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: The Structure of Isocitrate Dehydrogenase with Isocitrate, Nadp, and Calcium at 2.5 Angstroms Resolution: A Pseudo-Michaelis Ternary Complex 著者: Stoddard, B.L. / Dean, A. / Koshland Junior, D.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ika.cif.gz | 107.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ika.ent.gz | 82.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ika.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ika_validation.pdf.gz | 389.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ika_full_validation.pdf.gz | 421.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ika_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ika_validation.cif.gz | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/1ika ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/1ika | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ARG 112 - SER 113 OMEGA = 210.92 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: GLY 261 - PRO 262 OMEGA = 237.15 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45809.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08200, isocitrate dehydrogenase (NADP+) |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-AKG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.84 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 14729 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.108 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→30 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
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拘束条件 |
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