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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ijh | ||||||
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タイトル | CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES ASN485LEU MUTANT | ||||||
要素 | CHOLESTEROL OXIDASEコレステロールオキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FLAVOENZYME (フラボタンパク質) / STEROID METABOLISM (ステロイド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 コレステロールオキシダーゼ / cholesterol oxidase activity / steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / cholesterol catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 1.53 Å | ||||||
データ登録者 | Vrielink, A. / Lario, P.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: The presence of a hydrogen bond between asparagine 485 and the pi system of FAD modulates the redox potential in the reaction catalyzed by cholesterol oxidase. 著者: Yin, Y. / Sampson, N.S. / Vrielink, A. / Lario, P.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ijh.cif.gz | 128.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ijh.ent.gz | 95.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ijh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/1ijh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/1ijh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1b4vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54968.730 Da / 分子数: 1 / 変異: N485L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FAD COFACTOR NON-COVALENTLY BOUND TO THE ENZYME / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 遺伝子: choA / プラスミド: pCO237 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS 参照: UniProt: P12676, コレステロールオキシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: PEG 8000, SODIUM CACODYLATE, MNSO4, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / pH: 7 / 詳細: Yue, K., (1999) Biochemistry, 38, 4277. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 86 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月9日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.52→25 Å / Num. obs: 63695 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 25.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.52→1.58 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 5048 / % possible all: 73.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: 1B4V 解像度: 1.53→25 Å / Num. parameters: 18258 / Num. restraintsaints: 16261 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: The following are residues that were not located in the experiment: ASP A 6, ASN A 7, GLY A 8, THR A 507, ALA A 508, SER A 509. Some very mobile side chains were modeled at either 50% or zero ...詳細: The following are residues that were not located in the experiment: ASP A 6, ASN A 7, GLY A 8, THR A 507, ALA A 508, SER A 509. Some very mobile side chains were modeled at either 50% or zero occupancy. The occupancy of absent side chain atoms was set to zero for the following: RES 396 ARG NE->end has zero occupancy. RES 436 GLN CG->end has zero occupancy. Partially occupied side chain atoms modeled at 50% for the following: RES 146 ARG atoms CZ, NH1,NH2; RES 163 LYS atoms CE,NZ; RES 273 LYS atoms CG,CD,CE,NZ; RES 278 LYS atoms CG,CD,CE,NZ; RES 279 GLU atoms CG,CD,OE1,OE2; RES 396 ARG atoms CG,CD (REST ZERO); RES 404 ASP atoms CG, OD1,OD2; RES 468 LYS atoms CG,CD,CE, NZ; Regarding the close contacts in remark 500: ARG 396 NH1 (zero occupancy); GLU 279 OE2 50% occupancy; ARG 202 NE very aniostropic B = 33; All of the flagged waters are modeled at 50% occupancy.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 15 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 4450.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 57331 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 6632 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.166 / Rfactor obs: 0.163 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.03 |