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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1if1 | ||||||
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タイトル | INTERFERON REGULATORY FACTOR 1 (IRF-1) COMPLEX WITH DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / TRANSCRIPTION FACTOR (転写因子) / INTERFERON REGULATION / HELIX-TURN-HELIX (ヘリックスターンヘリックス) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / regulation of cell cycle => GO:0051726 / positive regulation of natural killer cell differentiation / : / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of adaptive immune response / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation ...CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / regulation of cell cycle => GO:0051726 / positive regulation of natural killer cell differentiation / : / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of adaptive immune response / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / chromatin => GO:0000785 / response to growth hormone / cellular response to peptide hormone stimulus / regulation of innate immune response / immune system process / positive regulation of type I interferon production / canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to interferon-beta / cellular response to interleukin-1 / type II interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-12 production / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / 遺伝子発現の調節 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / defense response to virus / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Escalante, C.R. / Yie, J. / Thanos, D. / Aggarwal, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1998 タイトル: Structure of IRF-1 with bound DNA reveals determinants of interferon regulation. 著者: Escalante, C.R. / Yie, J. / Thanos, D. / Aggarwal, A.K. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1997 タイトル: Expression, Purification, and Co-Crystallization of Irf-1 Bound to the Interferon-Beta Element Prdi 著者: Escalante, C.R. / Yie, J. / Thanos, D. / Aggarwal, A.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1if1.cif.gz | 78.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1if1.ent.gz | 56.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1if1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/1if1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/1if1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.823802, 0.55224, -0.127987), ベクター: |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7986.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: タンパク質 | 分子量: 13419.605 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA-BINDING PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: MOUSE FIBROBLAST L929 / プラスミド: PET-3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P15314 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18-22% PEG8K, 300 MM AMMONIUM ACETATE (PH 6.5), 10% GLYCEROL. | |||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Escalante, C.R., (1997) FEBS Lett., 414, 219. | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 111 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: DUAL SLITS |
放射 | モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 20328 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.23 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 13.5 / Rsym value: 0.09 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 21657 / % possible obs: 99.1 % / Num. measured all: 125805 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.23 Å / % possible obs: 99.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→12 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 29.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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