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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ibq | ||||||
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タイトル | ASPERGILLOPEPSIN FROM ASPERGILLUS PHOENICIS | ||||||
要素 | ASPERGILLOPEPSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ASPERGILLOPEPSIN / ASPARTIC PROTEINASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aspergillus phoenicis (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å | ||||||
データ登録者 | Cho, S.W. / Shin, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Structure of aspergillopepsin I from Aspergillus phoenicis: variations of the S1'-S2 subsite in aspartic proteinases. 著者: Cho, S.W. / Kim, N. / Choi, M.U. / Shin, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ibq.cif.gz | 136.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ibq.ent.gz | 109.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ibq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/1ibq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/1ibq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34219.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus phoenicis (カビ) / 参照: UniProt: Q12567, アスペルギロペプシンI #2: 糖 | ChemComp-MAN / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% PEG8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200H / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年1月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→26.34 Å / Num. all: 88563 / Num. obs: 26402 / % possible obs: 77.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 4.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.27 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / % possible all: 45.5 |
反射 | *PLUS % possible obs: 86.6 % / Num. measured all: 88563 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 43.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→26.34 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→26.34 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.2 |