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- PDB-1i8f: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A HEPTAMERIC ARCHAEAL SM PROTEIN: IMPLIC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i8f
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF A HEPTAMERIC ARCHAEAL SM PROTEIN: IMPLICATIONS FOR THE EUKARYOTIC SNRNP CORE
要素PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / beta barrel-like SmAP monomers form 35-stranded beta-sheet in the heptamer
機能・相同性
機能・相同性情報


Sm-like protein family complex / intracellular organelle / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. ...snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative snRNP Sm-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Mura, C. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of a heptameric archaeal Sm protein: Implications for the eukaryotic snRNP core.
著者: Mura, C. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2001年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年7月21日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / reflns_shell / struct_site
Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _reflns_shell.percent_possible_all ..._refine.ls_percent_reflns_obs / _reflns_shell.percent_possible_all / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
B: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
C: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
D: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
E: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
F: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
G: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,02112
ポリマ－62,5617
非ポリマー4605
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13040 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.261, 95.738, 62.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The contents of one asymmetric unit (i.e. a heptamer) most likely correspond to the biologically relevant species for this organism.

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要素

#1: タンパク質
PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN


分子量: 8937.272 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZYG5
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: PEG-4000, acetate, glycerol, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月5日
詳細: collimating mirror optics, double-slit monochromator
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→100 Å / Num. all: 62547 / Num. obs: 62547 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.48 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 44.4
反射 シェル解像度: 1.71→1.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.723 / % possible all: 97.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Each of the seven Sm monomers per a.u. were refined independently in CNS since imposition of restraints or constraints hindered the refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2839 -RANDOM
Rwork0.235 ---
all-59011 --
obs-56641 96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3815 0 30 130 3975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01809
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8962
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.232
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.2245
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.235
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 38.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.232
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.2245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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