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- PDB-5mkl: Crystal structure of SmAP (LSm) protein from Sulfolobus acidocaldarius -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mkl
タイトルCrystal structure of SmAP (LSm) protein from Sulfolobus acidocaldarius
要素Sm ribonucleo
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Lsm / SmAP / RNA-binding protein
機能・相同性Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / LSM domain superfamily / mRNA splicing, via spliceosome / Sm ribonucleo
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.086 Å
データ登録者Nikulin, A.D. / Lekontseva, N.V. / Tishchenko, S.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Scientific Foundation14-14-00496 ロシア
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2020
タイトル: Crystal structures and RNA-binding properties of Lsm proteins from archaea Sulfolobus acidocaldarius and Methanococcus vannielii: Similarity and difference of the U-binding mode.
著者: Lekontseva, N. / Mikhailina, A. / Fando, M. / Kravchenko, O. / Balobanov, V. / Tishchenko, S. / Nikulin, A.
履歴
登録2016年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.pdb_format_compatible
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: Sm ribonucleo
B1: Sm ribonucleo
C1: Sm ribonucleo
D1: Sm ribonucleo
E1: Sm ribonucleo
F1: Sm ribonucleo
G1: Sm ribonucleo
A2: Sm ribonucleo
B2: Sm ribonucleo
C2: Sm ribonucleo
D2: Sm ribonucleo
E2: Sm ribonucleo
F2: Sm ribonucleo
G2: Sm ribonucleo
A3: Sm ribonucleo
B3: Sm ribonucleo
C3: Sm ribonucleo
D3: Sm ribonucleo
E3: Sm ribonucleo
F3: Sm ribonucleo
G3: Sm ribonucleo
A4: Sm ribonucleo
B4: Sm ribonucleo
C4: Sm ribonucleo
D4: Sm ribonucleo
E4: Sm ribonucleo
F4: Sm ribonucleo
G4: Sm ribonucleo


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,60728
ポリマ－274,60728
非ポリマー00
水8,233457
1
A1: Sm ribonucleo
B1: Sm ribonucleo
C1: Sm ribonucleo
D1: Sm ribonucleo
E1: Sm ribonucleo
F1: Sm ribonucleo
G1: Sm ribonucleo


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6527
ポリマ－68,6527
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12640 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area23490 Å2
手法PISA
2
A2: Sm ribonucleo
B2: Sm ribonucleo
C2: Sm ribonucleo
D2: Sm ribonucleo
E2: Sm ribonucleo
F2: Sm ribonucleo
G2: Sm ribonucleo


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6527
ポリマ－68,6527
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12640 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area22750 Å2
手法PISA
3
A3: Sm ribonucleo
B3: Sm ribonucleo
C3: Sm ribonucleo
D3: Sm ribonucleo
E3: Sm ribonucleo
F3: Sm ribonucleo
G3: Sm ribonucleo


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6527
ポリマ－68,6527
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12830 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA
4
A4: Sm ribonucleo
B4: Sm ribonucleo
C4: Sm ribonucleo
D4: Sm ribonucleo
E4: Sm ribonucleo
F4: Sm ribonucleo
G4: Sm ribonucleo


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6527
ポリマ－68,6527
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12580 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area23670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.622, 133.516, 135.774
Angle α, β, γ (deg.)86.18, 85.78, 89.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ...
Sm ribonucleo


分子量: 9807.395 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: ATY89_02410, ATZ20_05445 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3FHU0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% Tacsimate pH 4.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.085→50 Å / Num. obs: 148188 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.085→2.12 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.941 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.444 / % possible all: 70.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XQ3

4xq3


解像度: 2.086→45.034 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 7051 5.03 %
Rwork0.1816 --
obs0.1841 140302 94.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.086→45.034 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17535 0 0 457 17992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00717703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87523777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.62611041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562813
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052981
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.086-2.10940.37761450.34312671X-RAY DIFFRACTION58
2.1094-2.13430.36562260.30114421X-RAY DIFFRACTION95
2.1343-2.16030.30672730.26764478X-RAY DIFFRACTION96
2.1603-2.18760.30712490.25674431X-RAY DIFFRACTION94
2.1876-2.21640.28312660.24164403X-RAY DIFFRACTION94
2.2164-2.24680.30282710.23094307X-RAY DIFFRACTION93
2.2468-2.27890.27912370.22154138X-RAY DIFFRACTION90
2.2789-2.31290.29232980.22614531X-RAY DIFFRACTION97
2.3129-2.3490.29332430.21634603X-RAY DIFFRACTION97
2.349-2.38750.29822170.2234625X-RAY DIFFRACTION97
2.3875-2.42870.26822300.20884469X-RAY DIFFRACTION97
2.4287-2.47290.2662320.20194535X-RAY DIFFRACTION96
2.4729-2.52040.27832450.19594682X-RAY DIFFRACTION97
2.5204-2.57190.23812270.19714462X-RAY DIFFRACTION96
2.5719-2.62780.2792220.20134455X-RAY DIFFRACTION96
2.6278-2.68890.23032160.18644500X-RAY DIFFRACTION95
2.6889-2.75610.26612340.19544483X-RAY DIFFRACTION93
2.7561-2.83060.2792200.19554363X-RAY DIFFRACTION95
2.8306-2.91390.23642220.1814655X-RAY DIFFRACTION98
2.9139-3.00790.26022280.18814624X-RAY DIFFRACTION97
3.0079-3.11540.23472540.18224492X-RAY DIFFRACTION98
3.1154-3.24010.23612760.18654642X-RAY DIFFRACTION97
3.2401-3.38760.24532320.17524420X-RAY DIFFRACTION96
3.3876-3.56610.22572380.17214576X-RAY DIFFRACTION95
3.5661-3.78940.22642200.17154412X-RAY DIFFRACTION96
3.7894-4.08180.2122010.17544695X-RAY DIFFRACTION98
4.0818-4.49220.19661920.14414655X-RAY DIFFRACTION98
4.4922-5.14150.16952800.13474468X-RAY DIFFRACTION96
5.1415-6.47460.2392070.19674484X-RAY DIFFRACTION96
6.4746-450.20522500.16964571X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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