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- PDB-1i7t: CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1049-5V -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i7t
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1049-5V
要素
  • 9 RESIDUE PEPTIDE
  • BETA-2-MICROGLOBULINΒ2-ミクログロブリン
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MHC fold
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / retina homeostasis / regulation of membrane depolarization / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna ...: / : / retina homeostasis / regulation of membrane depolarization / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / antibacterial humoral response / iron ion transport / T cell receptor signaling pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / cellular response to lipopolysaccharide / intracellular iron ion homeostasis / defense response to Gram-negative bacterium / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Β2-ミクログロブリン / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Busslep, J. / Zhao, R. / Loftus, D. / Appella, E. / Collins, E.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: T cell activity correlates with oligomeric peptide-major histocompatibility complex binding on T cell surface
著者: Busslep, J. / Zhao, R. / Donnini, D. / Loftus, D. / Saad, M. / Appella, E. / Collins, E.J.
履歴
登録2001年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年7月21日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: refine / struct_ref_seq_dif
Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: 9 RESIDUE PEPTIDE
D: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: 9 RESIDUE PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4706
ポリマ－89,4706
非ポリマー00
水0
1
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: 9 RESIDUE PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7353
ポリマ－44,7353
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
2
D: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: 9 RESIDUE PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7353
ポリマ－44,7353
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.920, 62.930, 74.700
Angle α, β, γ (deg.)82.02, 76.28, 77.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLAA / プラスミド: PLM / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: PLM / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01884, UniProt: P61769*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド 9 RESIDUE PEPTIDE


分子量: 1001.220 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The nine residue peptide was chemically synthesized

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114 %PEG60001reservoir
225 mMMES1reservoir
310 mg/mlprotein1drop
425 mMMES1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 20521 / Num. obs: 20521 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 60.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Rsym value: 0.379 / % possible all: 96.7
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 96.3 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 2021 -random
Rwork0.229 ---
obs0.23 20521 97 %-
all-21151 --
原子変位パラメータBiso mean: 13.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6312 0 0 0 6312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.34
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.23 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 13.3 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 1.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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