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万見
- PDB-1i7i: CRYSTAL STRUCTURE OF THE LIGAND BINDING DOMAIN OF HUMAN PPAR-GAMM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i7i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE LIGAND BINDING DOMAIN OF HUMAN PPAR-GAMMA IN COMPLEX WITH THE AGONIST AZ 242
要素PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / anti parallel helix sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding ...prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / macrophage derived foam cell differentiation / DNA binding domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of lipid storage / negative regulation of BMP signaling pathway / white fat cell differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / long-chain fatty acid transport / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / 細胞分化 / BMP signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of signaling receptor activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / cell maturation / positive regulation of adipose tissue development / epithelial cell differentiation / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / negative regulation of MAP kinase activity / fatty acid metabolic process / negative regulation of miRNA transcription / placenta development / Regulation of PTEN gene transcription / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / transcription coregulator binding / peptide binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / lipid metabolic process / regulation of circadian rhythm / PPARA activates gene expression / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / 血圧 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / rhythmic process / nuclear receptor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / 細胞分化 / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
PPARγ / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / PPAR / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...PPARγ / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / PPAR / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Petersen, J.F.W. / Cronet, P. / Folmer, R. / Blomberg, N. / Sjoblom, K. / Karlsson, U. / Lindstedt, E.-L. / Bamberg, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structure of the PPARalpha and -gamma ligand binding domain in complex with AZ 242; ligand selectivity and agonist activation in the PPAR family.
著者: Cronet, P. / Petersen, J.F. / Folmer, R. / Blomberg, N. / Sjoblom, K. / Karlsson, U. / Lindstedt, E.L. / Bamberg, K.
履歴
登録2001年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
B: PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2364
ポリマ－66,4192
非ポリマー8172
水1,11762
1
A: PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6182
ポリマ－33,2091
非ポリマー4081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6182
ポリマ－33,2091
非ポリマー4081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.928, 61.781, 118.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA / PPAR-GAMMA


分子量: 33209.383 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-AZ2 / (2S)-2-ETHOXY-3-[4-(2-{4-[(METHYLSULFONYL)OXY]PHENYL}ETHOXY)PHENYL]PROPANOIC ACID / AZ 242 / テサグリタザル / Tesaglitazar


分子量: 408.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24O7S / コメント: アゴニスト*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium citrate, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
17 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1drop
3150 mM1dropNaCl
410 %glycerol1drop
51 mMTCEP1droppH8.
60.5 mMligand AZ 2421drop
73.2 Msodium formate1reservoir
8100 mMHEPES1reservoirpH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 25345 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 41.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNX2000精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry: 2PRG

2prg


解像度: 2.35→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1562646.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1224 4.8 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs-25313 91.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.67 Å20 Å29.36 Å2
2--7.31 Å20 Å2
3----4.64 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4132 0 56 62 4250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.842.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 205 4.8 %
Rwork0.324 4076 -
obs--93.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2C1.PARC1.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAM
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.236 / Rfactor Rfree: 0.282
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 51.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.772
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.842.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.344 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor Rwork: 0.324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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