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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i5f | ||||||
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タイトル | BACILLUS CALDOLYTICUS COLD-SHOCK PROTEIN MUTANTS TO STUDY DETERMINANTS OF PROTEIN STABILITY | ||||||
要素 | COLD-SHOCK PROTEIN CSPB | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Beta barrel (Βバレル) / Homodimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus caldolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Delbrueck, H. / Mueller, U. / Perl, D. / Schmid, F.X. / Heinemann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal structures of mutant forms of the Bacillus caldolyticus cold shock protein differing in thermal stability. 著者: Delbruck, H. / Mueller, U. / Perl, D. / Schmid, F.X. / Heinemann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i5f.cif.gz | 79.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i5f.ent.gz | 58.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i5f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/1i5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/1i5f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7313.107 Da / 分子数: 2 / 変異: R3E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus caldolyticus (バクテリア) 遺伝子: CSPB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41016 #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 6000, sodium citrate, ammonia sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9493 / 波長: 0.9493 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9493 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→15 Å / Num. all: 26730 / Num. obs: 26715 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 380 / % possible all: 91.8 |
反射 | *PLUS % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.6 % / Rmerge(I) obs: 0.329 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1C9O 解像度: 1.4→15 Å / Num. parameters: 12045 / Num. restraintsaints: 14073 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 13 / Occupancy sum hydrogen: 964 / Occupancy sum non hydrogen: 1256 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 1306 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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