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- PDB-1i49: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ARFAPTIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i49
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ARFAPTIN
要素ARFAPTIN 2
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane curvature sensor activity / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / protein localization to phagophore assembly site / GTP-dependent protein binding / ruffle organization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / lamellipodium assembly / small GTPase-mediated signal transduction / マイトファジー ...membrane curvature sensor activity / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / protein localization to phagophore assembly site / GTP-dependent protein binding / ruffle organization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / lamellipodium assembly / small GTPase-mediated signal transduction / マイトファジー / ruffle / trans-Golgi network membrane / phospholipid binding / intracellular protein transport / small GTPase binding / 細胞皮質 / actin cytoskeleton organization / cadherin binding / protein domain specific binding / GTP binding / 核小体 / ゴルジ体 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Arfaptin homology (AH) domain / Arfaptin family / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain profile. / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tarricone, C. / Xiao, B. / Justin, N. / Gamblin, S.J. / Smerdon, S.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: The structural basis of Arfaptin-mediated cross-talk between Rac and Arf signalling pathways.
著者: Tarricone, C. / Xiao, B. / Justin, N. / Walker, P.A. / Rittinger, K. / Gamblin, S.J. / Smerdon, S.J.
履歴
登録2001年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARFAPTIN 2
B: ARFAPTIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2282
ポリマ－51,2282
非ポリマー00
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area21960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.334, 146.334, 82.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 ARFAPTIN 2 /


分子量: 25614.057 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 118-341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53365
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE, ISOPROPANOL, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.1 Mtri-sodium citrate dihydrate1reservoir
310 %(v/v)isopropanol1reservoir
450 mMsodium HEPES1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSRS PX9.610.87
シンクロトロンESRF BM1420.9785
シンクロトロンESRF BM1430.979
シンクロトロンESRF BM1440.8856
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD1999年4月30日
ADSC QUANTUM 42CCD1999年6月3日
ADSC QUANTUM 43CCD1999年6月3日
ADSC QUANTUM 44CCD1999年6月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.871
20.97851
30.9791
40.88561
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 25459 / Num. obs: 25169 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Num. unique all: 3134

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.275 1260 Random
Rwork0.234 --
all-25459 -
obs-25169 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3217 0 0 225 3442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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