+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3caz | ||||||
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Title | Crystal structure of a BAR protein from Galdieria sulphuraria | ||||||
Components | BAR protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / BAR protein / thermo-acidophilic red alga / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG | ||||||
Function / homology | Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / BAR protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Galdieria sulphuraria (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.344 Å | ||||||
Authors | McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of a BAR protein from Galdieria sulphuraria. Authors: McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3caz.cif.gz | 97.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3caz.ent.gz | 79.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3caz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3caz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3caz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: SER / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4
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-Components
#1: Protein | Mass: 34036.277 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Galdieria sulphuraria (eukaryote) / Gene: c501_101305g3.t1 / Plasmid: pVP56k / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834 P(RARE2) / References: UniProt: D0VWT4*PLUS Sequence details | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEB | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.05 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (27% MPD, 0.12 M Magnesium chloride, 0. ...Details: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.05 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (27% MPD, 0.12 M Magnesium chloride, 0.1 M MES/Acetate pH 5.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.96411 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 18, 2007 / Details: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96411 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.344→47.168 Å / Num. obs: 13119 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 11.425 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: SAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set | R cullis centric: 0 / Highest resolution: 3.35 Å / Lowest resolution: 47.17 Å / Power centric: 0
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Phasing MAD set shell | R cullis centric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 13048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.344→47.168 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.286 / WRfactor Rwork: 0.232 / SU B: 58.864 / SU ML: 0.398 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.452 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 74.648 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.344→47.168 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 1696 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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