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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hxm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Human Vgamma9/Vdelta2 T Cell Receptor | ||||||
要素 | (GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Ig domain (免疫グロブリンフォールド) / T cell receptor (T細胞受容体) / TCR / gdTCR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamma-delta T cell receptor complex / gamma-delta T cell activation / T cell receptor complex / plasma membrane => GO:0005886 / transmembrane signaling receptor activity / T cell receptor signaling pathway / 獲得免疫系 / 免疫応答 / external side of plasma membrane / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 3.12 Å | ||||||
データ登録者 | Allison, T.J. / Winter, C.C. / Fournie, J.J. / Bonneville, M. / Garboczi, D.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2001 タイトル: Structure of a human gammadelta T-cell antigen receptor. 著者: Allison, T.J. / Winter, C.C. / Fournie, J.J. / Bonneville, M. / Garboczi, D.N. #1: ジャーナル: EUR.J.IMMUNOL. / 年: 1993 タイトル: Peripheral selection of antigen receptor junctional features in a major human gamma delta subset 著者: Davodeau, F. / Peyrat, M.A. / Hallet, M.M. / Houde, I. / Vie, H. / Bonneville, M. #2: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: Stimulation of human gamma delta T cells by nonpeptidic mycobaterial ligands 著者: Constant, P. / Davodeau, F. / Peyrat, M.A. / Poquet, Y. / Puzo, G. / Bonneville, M. / Fournie, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hxm.cif.gz | 343 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hxm.ent.gz | 288.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hxm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/1hxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/1hxm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25535.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VD2, DD3, JD1, CD / プラスミド: PLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PUBS / 参照: GenBank: 298105, UniProt: B7Z8K6*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 27360.244 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VG9, JGP, CG1 / プラスミド: PLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PUBS / 参照: UniProt: P03986 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 28% PEG4000, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris-HCl, 20% glycerol, 4 mg/mL protein, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月28日 / 詳細: Yale mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→60 Å / Num. all: 42118 / Num. obs: 42118 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 59.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 20.2 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 60 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.12→30.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1900398.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Initial model was built into and refined against a 3.25 Angstroms SeMet MAD data set (same space group with very similar unit cell). That model was then brought into this unit cell and ...詳細: Initial model was built into and refined against a 3.25 Angstroms SeMet MAD data set (same space group with very similar unit cell). That model was then brought into this unit cell and refined against this 3.12 Angstroms data.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.0227 Å2 / ksol: 0.298879 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.12→30.77 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 2
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.12→3.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 42.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.343 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor Rwork: 0.29 |