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- PDB-1hka: 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN PYROPHOSPHOKINASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hka
タイトル6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN PYROPHOSPHOKINASE
要素6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN PYROPHOSPHOKINASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PYROPHOSPHORYL TRANSFER / PYROPHOSPHOKINASE / KINASE (キナーゼ) / FOLATE (葉酸) / 6-HYDROXYMETHYL-7 / 8-DIHYDROPTERIN
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Xiao, B. / Shi, G. / Chen, X. / Yan, H. / Ji, X.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase, a potential target for the development of novel antimicrobial agents.
著者: Xiao, B. / Shi, G. / Chen, X. / Yan, H. / Ji, X.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1992
タイトル: Cloning, Sequence Analysis, and Overexpression of Escherichia Coli Folk, the Gene Coding for 7,8-Dihydro-6-Hydroxymethylpterin-Pyrophosphokinase
著者: Talarico, T.L. / Ray, P.H. / Dev, I.K. / Merrill, B.M. / Dallas, W.S.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1991
タイトル: Purification and Partial Characterization of 7,8-Dihydro-6-Hydroxymethylpterin-Pyrophosphokinase and 7,8-Dihydropteroate Synthase from Escherichia Coli Mc4100
著者: Talarico, T.L. / Dev, I.K. / Dallas, W.S. / Ferone, R. / Ray, P.H.
履歴
登録1998年9月29日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年9月13日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN PYROPHOSPHOKINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9671
ポリマ－17,9671
非ポリマー00
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.320, 51.980, 41.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN PYROPHOSPHOKINASE / HPPK


分子量: 17966.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: FOLK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P26281, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 26 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
230 %PEG40001reservoir
30.2 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.9686, 0.9788, 0.9792, 0.9870
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月20日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96861
20.97881
30.97921
40.9871
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 23352 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 5.65 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.81 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / % possible all: 89.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 132018
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→20 Å / Num. parameters: 6235 / Num. restraintsaints: 5591 / 交差検証法: FREE R IN FIRST STAGE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI AND HOPE, J.APPL.CRYST. 28 (1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
obs0.1818 -95.8 %-
all-22277 --
Rfree---RANDOM
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1503
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1319 0 0 236 1555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.064
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(I): 2 / Rfactor all: 0.182 / Rfactor obs: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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