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- PDB-3hcx: Crystal structure of E. coli HPPK(N10A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hcx
タイトルCrystal structure of E. coli HPPK(N10A)
要素2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / alpha beta / ATP-binding / Folate biosynthesis / Kinase / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Blaszczyk, J. / Li, Y. / Yan, H. / Ji, X.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Role of loop coupling in enzymatic catalysis and conformational dynamics
著者: Blaszczyk, J. / Li, Y. / Ji, X. / Yan, H.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase, a potential target for the development of novel antimicrobial agents.
著者: Xiao, B. / Shi, G. / Chen, X. / Yan, H. / Ji, X.
履歴
登録2009年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52023年9月6日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0813
ポリマ－17,9241
非ポリマー1582
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.33, 51.74, 41.39
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase / 7 / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase / HPPK / 6-hydroxymethyl-7 / 8-dihydropterin ...7 / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase / HPPK / 6-hydroxymethyl-7 / 8-dihydropterin pyrophosphokinase / PPPK


分子量: 17923.510 Da / 分子数: 1 / 変異: N10A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: b0142, foIK, folK, JW0138 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P26281, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.92 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, Sodium acetate, Glycerol, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 14669 / Num. obs: 14669 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -6 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 24.571
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 1471 / Χ2: 0.997 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1HKA

1hka


解像度: 1.75→19.524 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.846 / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The structure was refined for a total of 24 cycles, including 8 cycles with CNS, 7 cycles with SHELX, and 9 cycles with PHENIX
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1000 6.82 %Random
Rwork0.184 ---
obs0.186 14654 99.78 %-
all-14654 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.825 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 62.68 Å2 / Biso mean: 29.043 Å2 / Biso min: 13.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.626 Å2-0 Å21.837 Å2
2---3.605 Å2-0 Å2
3---2.979 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.524 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1264 0 9 169 1442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0541865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.148510
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.75-1.8430.2851400.252191820582058100
1.843-1.9580.2661430.218195620992099100
1.958-2.1090.2851410.196192420652065100
2.109-2.3210.2091440.181195220962096100
2.321-2.6560.2491430.186196121042104100
2.656-3.3440.241440.18195921032103100
3.344-19.5250.171450.16819842129212999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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