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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hh6 | ||||||
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タイトル | ANTI-P24 (HIV-1) FAB FRAGMENT CB41 COMPLEXED WITH A PEPTIDE | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / ANTIBODY/PEPTIDE / POLYSPECIFICITY / CROSSREACTIVITY / FAB-FRAGMENT / HIV-1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / antibacterial humoral response / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Hahn, M. / Wessner, H. / Schneider-Mergener, J. / Hohne, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2000 タイトル: Evolutionary Transition Pathways for Changing Peptide Ligand Specificity and Structure 著者: Hoffmuller, U. / Knaute, T. / Hahn, M. / Hohne, W. / Schneider-Mergener, J. / Kramer, A. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997 タイトル: Crystallographic Analysis of Anti-P24 (HIV-1) Monoclonal Antibody Cross-Reactivity and Polyspecificity 著者: Keitel, T. / Kramer, A. / Wessner, H. / Scholz, C. / Schneider-Mergener, J. / Hohne, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hh6.cif.gz | 99 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hh6.ent.gz | 75.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hh6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/1hh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/1hh6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23928.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: CB 4/1/1/F6 B-CELL HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01837*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 22669.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: CB 4/1/1/F6 B-CELL HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01864*PLUS |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1158.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: EPITOPE-RELATED PEPTIDE / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE IS RELATED TO THE ENTRY 1BOG. THE TWO RESIDUES IN THIS ENTRY VALB168, VALB171 ARE ...THE SEQUENCE IS RELATED TO THE ENTRY 1BOG. THE TWO RESIDUES IN THIS ENTRY VALB168, VALB171 ARE LEU168 AND LEU171 RESPECTIVE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HANGING DROP SET UP AT ROOM TEMPERATURE, PROTEIN CONCENTRATION: 10 MG/ML, RESERVOIR: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M MOPS-BUFFER, PH 7.5. | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 36923 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BOG 解像度: 2.6→25 Å / SU B: 9.6 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.39
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Rfactor obs: 0.294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |