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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hgu | ||||||
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タイトル | HUMAN GROWTH HORMONE | ||||||
要素 | HUMAN GROWTH HORMONE成長ホルモン | ||||||
キーワード | HORMONE (ホルモン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 growth hormone receptor complex / bone maturation / prolactin receptor binding / positive regulation of growth / animal organ development / positive regulation of activation of Janus kinase activity / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of glucose transmembrane transport / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / growth hormone receptor binding ...growth hormone receptor complex / bone maturation / prolactin receptor binding / positive regulation of growth / animal organ development / positive regulation of activation of Janus kinase activity / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of glucose transmembrane transport / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / growth hormone receptor binding / growth hormone receptor signaling pathway / Prolactin receptor signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / response to nutrient levels / cytokine activity / endosome lumen / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / positive regulation of MAP kinase activity / hormone activity / cytokine-mediated signaling pathway / response to estradiol / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / extracellular space / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Chantalat, L. / Jones, N. / Korber, F. / Navaza, J. / Pavlovsky, A.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1995 タイトル: THE CRYSTAL-STRUCTURE OF WILD-TYPE GROWTH-HORMONE AT 2.5 ANGSTROM RESOLUTION. 著者: Chantalat, L. / Jones, N.D. / Korber, F. / Navaza, J. / Pavlovsky, A.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hgu.cif.gz | 48.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hgu.ent.gz | 38.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hgu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/1hgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/1hgu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 37 2: ALA 67 - GLN 68 OMEGA = 215.88 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: GLN 68 - GLN 69 OMEGA = 226.17 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 4: ASP 107 - SER 108 OMEGA = 238.99 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 5: SER 108 - ASP 109 OMEGA = 269.60 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 6: ASN 149 - SER 150 OMEGA = 137.02 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 7: ASP 153 - ASP 154 OMEGA = 141.53 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21902.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01241 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Rmerge(I) obs: 0.0747 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 5364 / % possible obs: 66.6 % / Num. measured all: 13055 / Rmerge(I) obs: 0.0747 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.75 Å / % possible obs: 37.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.212 / Rfactor obs: 0.212 / 最高解像度: 2.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR/PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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