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- PDB-1hgd: BINDING OF INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ TO ANALOGS OF ITS CELL-S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hgd
タイトルBINDING OF INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ TO ANALOGS OF ITS CELL-SURFACE RECEPTOR, SIALIC ACID: ANALYSIS BY PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY
要素(HEMAGGLUTININ, CHAIN HA1ヘマグルチニン) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sauter, N.K. / Hanson, J.E. / Glick, G.D. / Brown, J.H. / Crowther, R.L. / Park, S.-J. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Binding of influenza virus hemagglutinin to analogs of its cell-surface receptor, sialic acid: analysis by proton nuclear magnetic resonance spectroscopy and X-ray crystallography.
著者: Sauter, N.K. / Hanson, J.E. / Glick, G.D. / Brown, J.H. / Crowther, R.L. / Park, S.J. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Crystallographic Detection of a Second Ligand Binding Site in Influenza Virus Hemagglutinin
著者: Sauter, N.K. / Glick, G.D. / Crowther, R.L. / Park, S.-J. / Eisen, M.B. / Skehel, J.J. / Knowles, J.R. / Wiley, D.C.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1990
タイトル: The Structure of a Membrane Fusion Mutant of the Influenza Virus Hemagglutinin
著者: Weis, W.I. / Cusack, S.C. / Brown, J.H. / Daniels, R.S. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Refinement of the Influenza Virus Hemagglutinin by Simulated Annealing
著者: Weis, W.I. / Brunger, A.T. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1988
タイトル: Structure of the Influenza Virus Hemagglutinin Complexed with its Receptor, Sialic Acid
著者: Weis, W.I. / Brown, J.H. / Cusack, S. / Paulson, J.C. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1986
タイトル: The Refinement of the Hemagglutinin Membrane Glycoprotein of Influenza Virus
著者: Knossow, M. / Lewis, M. / Rees, D. / Wilson, I.A. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1984
タイトル: Three-Dimensional Structure of an Antigenic Mutant of the Influenza Virus Hemagglutinin
著者: Knossow, M. / Daniels, R.S. / Douglas, A.R. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1981
タイトル: Structure of the Hemagglutinin Membrane Glycoprotein of Influenza Virus at 3 Angstroms Resolution
著者: Wilson, I.A. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
#8: ジャーナル: Nature / 年: 1981
タイトル: Structural Identification of the Antibody-Binding Sites of Hong Kong Influenza Hemagglutinin and Their Involvement in Antigenic Variation
著者: Wiley, D.C. / Wilson, I.A. / Skehel, J.J.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Studies on the Hemagglutinin Glycoprotein from the Membrane of Influenza Virus
著者: Wiley, D.C. / Skehel, J.J.
履歴
登録1991年11月1日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ, CHAIN HA1
B: HEMAGGLUTININ, CHAIN HA1
C: HEMAGGLUTININ, CHAIN HA1
D: HEMAGGLUTININ, CHAIN HA1
E: HEMAGGLUTININ, CHAIN HA1
F: HEMAGGLUTININ, CHAIN HA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,54821
ポリマ－169,1346
非ポリマー4,41415
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39190 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area58120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.300, 163.300, 176.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Atom site foot note1: DISORDERED RESIDUES WITH LITTLE OR NO VISIBLE ELECTRON DENSITY: CHAIN A: 1 - 8, 326 - 328 B: 58, 172 - 175 CHAIN C: 1 - 8, 328 D: 58, 172 - 175 CHAIN E: 1 - 8, 327 - 328 F: 58, 172 - 175
2: CIS PROLINE - PRO A 55 / 3: CIS PROLINE - PRO C 55 / 4: CIS PROLINE - PRO E 55
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.034333, -0.851708, -0.522891), (-0.550874, 0.420417, -0.720963), (0.833882, 0.3128, -0.454749)69.5055, 48.3999, -20.5577
2given(0.034333, -0.550874, 0.833882), (-0.851708, 0.420417, 0.3128), (-0.522891, -0.720963, -0.454749)41.4187, 45.2807, 61.8898
詳細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要素

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ, CHAIN HA1 / ヘマグルチニン


分子量: 36165.602 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 株: (A/X-31(H3N2)) / 参照: UniProt: P03437, UniProt: P03438*PLUS
#2: タンパク質 HEMAGGLUTININ, CHAIN HA1 / ヘマグルチニン


分子量: 20212.350 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 株: (A/X-31(H3N2)) / 参照: UniProt: P03437, UniProt: P03438*PLUS
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.7→7 Å / Rfactor Rwork: 0.224 / Rfactor obs: 0.224
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11880 0 285 72 12237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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