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万見
- PDB-1hbw: Solution nmr structure of the dimerization domain of the yeast tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hbw
タイトルSolution nmr structure of the dimerization domain of the yeast transcriptional activator Gal4 (residues 50-106)
要素REGULATORY PROTEIN GAL4
キーワードTRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR (アクチベーター) / GALACTOSE AND MELIBIOSE METABOLISM / DIMERIZATION DOMAIN / COILED-COIL DIMERIC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / galactose metabolic process / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / transcription repressor complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / zinc ion binding ...regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / galactose metabolic process / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / transcription repressor complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Gal4 dimerisation domain / Gal4-like dimerisation domain / Fungal specific transcription factor domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain ...Gal4 dimerisation domain / Gal4-like dimerisation domain / Fungal specific transcription factor domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein GAL4
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING PROTOCOL
データ登録者Hidalgo, P. / Ansari, A.Z. / Schmidt, P. / Hare, B. / Simkovic, N. / Farrell, S. / Shin, E.J. / Ptashne, M. / Wagner, G.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2001
タイトル: Recruitment of the Transcriptional Machinery Through Gal11P: Structure and Interactions of the GAL4 Dimerization Domain
著者: Hidalgo, P. / Ansari, A.Z. / Schmidt, P. / Hare, B. / Simkovich, N. / Farrell, S. / Shin, E.J. / Ptashne, M. / Wagner, G.
履歴
登録2001年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年1月15日Group: Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_representative / pdbx_validate_torsion
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REGULATORY PROTEIN GAL4
B: REGULATORY PROTEIN GAL4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3872
ポリマ－13,3872
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 300LOWEST ENERGY AND MINIMAL NOE DERIVED DISTANCE RESTRAINTS VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 REGULATORY PROTEIN GAL4


分子量: 6693.702 Da / 分子数: 2 / 断片: DIMERIZATION DOMAIN RESIDUES 50-106 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P04386
構成要素の詳細CHAIN A, B ENGINEERED MUTATION GLN87ARG, LYS90GLU GAL4 IS A POSITIVE REGULATOR FOR THE GALACTOSE-INDUCED GENES

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY (1H
12113C
13115N)
141HNHA
151HNHB
161HNCA
171HN(CO)CA

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試料調製

試料状態イオン強度: 50 MM SODIUM PHOSPHATE / pH: 7.4 / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UP 750VarianUP 7507501
Bruker UP 400BrukerUP 4006002
Bruker AMXBrukerAMX5003
Bruker AMXBrukerAMX4004
Varian INOVAVarianINOVA5005

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING PROTOCOL / ソフトェア番号: 1
詳細: C2 SYMMETRY WAS ENFORCED IN THE STRUCTURE CALCULATIONS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY AND MINIMAL NOE DERIVED DISTANCE RESTRAINTS VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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