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万見
- PDB-1d66: DNA RECOGNITION BY GAL4: STRUCTURE OF A PROTEIN/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d66
タイトルDNA RECOGNITION BY GAL4: STRUCTURE OF A PROTEIN/DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*CP*C P*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*CP*C P*GP*G)-3')
  • PROTEIN (GAL4)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / galactose metabolic process / transcription repressor complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding ...regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / galactose metabolic process / transcription repressor complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / Gal4 dimerisation domain / Gal4-like dimerisation domain / : / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / CD2-Gal4 / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. ...Single helix bin / Gal4 dimerisation domain / Gal4-like dimerisation domain / : / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / CD2-Gal4 / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Regulatory protein GAL4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Marmorstein, R. / Carey, M. / Ptashne, M. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: DNA recognition by GAL4: structure of a protein-DNA complex.
著者: Marmorstein, R. / Carey, M. / Ptashne, M. / Harrison, S.C.
履歴
登録1992年3月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01992年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*CP*C P*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*CP*C P*GP*G)-3')
A: PROTEIN (GAL4)
B: PROTEIN (GAL4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7378
ポリマ－27,2874
非ポリマー4504
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.850, 80.850, 73.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.96999, 0.01468, -0.2427), (0.01429, -0.9999, -0.0039), (-0.24271, -0.00019, -0.9701)
ベクター: 7.19246, 83.38941, 62.87497)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*CP*C P*GP*G)-3')


分子量: 5831.761 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*CP*C P*GP*G)-3')


分子量: 5822.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (GAL4)


分子量: 7816.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04386
#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUES LEU A 19 - LYS A 27 AND LEU B 19 - LYS B 27 FORM TIGHT TURNS WHICH CONNECT HELICES. ...RESIDUES LEU A 19 - LYS A 27 AND LEU B 19 - LYS B 27 FORM TIGHT TURNS WHICH CONNECT HELICES. RESIDUES TRP A 39 - LEU A 49 AND TRP B 39 - LEU B 49 FORM EXTENDED CHAINS WHICH CONNECT HELICES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3CACL211
4NACL11
5NA CACODYLATE11
6WATER12
7MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.6 mMprotein1dropdimer
20.9 mMDNA1dropduplex
316 %MPD1drop
475 mM1dropCaCl2
524 mM1dropNaCl
612 mMsodium cacoylate1drop
727 %1reservoir
8125 mM1reservoirCaCl2
940 mM1reservoirNaCl
1020 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 118 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.7 Å
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 94 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.075

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
TNT精密化
CORELS精密化
精密化解像度: 2.7→8 Å / σ(F): 16 /
Rfactor反射数
Rwork0.23 -
obs0.23 6411
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数934 773 4 51 1762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.23 / Num. reflection obs: 6411
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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