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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gwv | |||||||||
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タイトル | ALPHA-,1,3 GALACTOSYLTRANSFERASE - LACTOSE COMPLEX | |||||||||
要素 | N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GALACTOSYLTRANSFERASE / BLOOD GROUP SUGARS / LACTOSE (ラクトース) / N-ACETYL LACTOSAMINE / GLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase / N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase activity / Golgi cisterna / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / glycosyltransferase activity / protein glycosylation / vesicle / carbohydrate metabolic process / ゴルジ体 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | BOS TAURUS (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Boix, E. / Zhang, Y. / Swaminathan, G.J. / Brew, K. / Acharya, K.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Structural Basis of Ordered Binding of Donor and Acceptor Substrates to the Retaining Glycosyltransferase, Alpha -1,3 Galactosyltransferase 著者: Boix, E. / Zhang, Y. / Swaminathan, G.J. / Brew, K. / Acharya, K.R. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Structure of Udp Complex of Udp-Galactose:Beta-Galactoside-Alpha -1,3-Galactosyltransferase at 1.53-A Resolution Reveals a Conformational Change in the Catalytically Important C Terminus 著者: Boix, E. / Swaminathan, G.J. / Zhang, Y. / Natesh, R. / Brew, K. / Acharya, K.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gwv.cif.gz | 138 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gwv.ent.gz | 105.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gwv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/1gwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/1gwv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34090.164 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 80-368 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / プラスミド: PSV-SPORT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): DH5-ALPHA / 参照: UniProt: P14769, EC: 2.4.1.151 #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: PEG6000, TRIS/HCL, pH 8.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 25766 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / % possible all: 86.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 39 Å / Num. obs: 27036 / Num. measured all: 82283 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 86.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1K4V 解像度: 2.5→38.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1087154.27 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.8445 Å2 / ksol: 0.35378 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 39 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.59 Å |