PDB-1gtc: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 OKAZAKI FRAGMENT, DNA-RNA CHIMERA,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gtc

タイトル

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 OKAZAKI FRAGMENT, DNA-RNA CHIMERA, NMR, 11 STRUCTURES

要素

DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*C)-3')
DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*CP*A)-D(P*CP*TP*GP*C)-3')

キーワード

DNA-RNA HYBRID / RNA:DNA CHIMERA /

RNASE H (リボヌクレアーゼH) /

REVERSE TRANSCRIPTASE (逆転写酵素) / DNA-RNA COMPLEX

機能・相同性

デオキシリボ核酸 / DNA/RNA hybrid

機能・相同性情報

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Fedoroff, O.Y. / Salazar, M. / Reid, B.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Structural variation among retroviral primer-DNA junctions: solution structure of the HIV-1 (-)-strand Okazaki fragment r(gcca)d(CTGC).d(GCAGTGGC).
著者: Fedoroff, O.Y.u. / Salazar, M. / Reid, B.R.

履歴

登録	1996年6月13日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1996年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gtc.cif.gz	112.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gtc.ent.gz	96.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gtc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gtc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gtc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	124d-d 1x6w-d 1wks-d 7nbl-d 3r1c-5 2gbh-d 1g7z-d 3p4a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*C)-3')

B: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*CP*A)-D(P*CP*TP*GP*C)-3')

4.92 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	11 / -
代表モデル

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPAPGPTPGPGPC)-3') 分子量: 2467.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属
#2: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R(GPCPCPA)-D(PCPTPGPC)-3') 分子量: 2451.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	E.COSY
1	4	1	H-P HETCOR

-
試料調製

試料状態	pH: 7.0 / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
HOME BUILD	500	1
DROBNY	500	2
GLADDEN	500	3

-
解析

ソフトウェア

名称:

AMBER / 分類: 精密化

NMR software

名称	開発者	分類
Discover	BIOSYM	精密化
Discover		構造決定
DG-II		構造決定
BIRDER		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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