PDB-1x6w: Solution Structure of the DNA Duplex TGCGCA:TGCGCA Capped by Trim...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x6w

タイトル

Solution Structure of the DNA Duplex TGCGCA:TGCGCA Capped by Trimethoxystilbene Residues

要素

5'-D(*(TMS)P*TP*GP*CP*GP*CP*A)-3'

キーワード

DNA / trimethoxystilbene / Synthetic hybrid

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / Torsion-Angle Molecular Dynamics

Model type details

minimized average

データ登録者

Tuma, J. / Paulini, R. / Sttz, J. / Richert, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: How much pi-stacking do DNA termini seek? Solution structure of a self-complementary DNA hexamer with trimethoxystilbenes capping the terminal base pairs.
著者: Tuma, J. / Paulini, R. / Rojas Stutz, J.A. / Richert, C.

履歴

登録	2004年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x6w.cif.gz	26.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x6w.ent.gz	18.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x6w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1x6w_validation.pdf.gz	235.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1x6w_full_validation.pdf.gz	239.1 KB	表示
XML形式データ	1x6w_validation.xml.gz	1.5 KB	表示
CIF形式データ	1x6w_validation.cif.gz	1.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/1x6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/1x6w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1g7z-d 1gtc-d 1d70-d 2a2t-5 6s6n-d 5lme-d 7nbl-d 1nxr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*(TMS)P*TP*GP*CP*GP*CP*A)-3'

B: 5'-D(*(TMS)P*TP*GP*CP*GP*CP*A)-3'

4.33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	2 / -	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: DNA鎖	5'-D((TMS)PTPGPCPGPCPA)-3' 分子量: 2162.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY, DQF-COSY, TOCSY
1	2	1	2D NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	analyte buffer, salt, D2O	D2O
2	analyte buffer, salt, H2O/D2O (85:15)	H2O/D2O (85:15)

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	165 mM Phosphat buffer (KH2PO4/K2HPO4), NaCl at pH 7 (uncorrected for deuterium effect)	7	ambient	288 K
2	165 mM Phosphat buffer (KH2PO4/K2HPO4), NaCl at pH 7 (uncorrected for deuterium effect)	7	ambient	288 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1	Brunger	構造決定
CNS	1	Brunger	精密化

精密化

手法: Torsion-Angle Molecular Dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
登録したコンフォーマーの数: 2

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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