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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x6w | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Solution Structure of the DNA Duplex TGCGCA:TGCGCA Capped by Trimethoxystilbene Residues | ||||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / trimethoxystilbene / Synthetic hybrid | 機能・相同性 | デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / Torsion-Angle Molecular Dynamics | Model type details | minimized average | データ登録者 | Tuma, J. / Paulini, R. / Sttz, J. / Richert, C. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 | タイトル: How much pi-stacking do DNA termini seek? Solution structure of a self-complementary DNA hexamer with trimethoxystilbenes capping the terminal base pairs. 著者: Tuma, J. / Paulini, R. / Rojas Stutz, J.A. / Richert, C. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1x6w.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1x6w.ent.gz | 19.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1x6w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/1x6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/1x6w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2162.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Torsion-Angle Molecular Dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 登録したコンフォーマーの数: 2 |